吳執御論周延儒
八月，御史吳執御上疏指責道：“內閣首輔周延儒攬權過度，遮蔽視聽，偏袒自已的同鄉，每當塘報（軍事通訊）和奏章中只要涉及到邊疆盜賊活動的任何一個字眼時，周延儒都會以軍機大事保密的介面，將檔案密封后直接送到相關部門。這樣第二天早晨，當廷臣們想要剖析事情的真相時，周延儒就可以將失敗粉飾為勝利，或將功勞變成罪狀。皇帝只看到周延儒對細節把握敏銳，但並不瞭解這只是周延儒實現私人目的的一種手段。”皇帝對吳執御進行了嚴厲的斥責，吳執御連續三次上疏彈劾周延儒的奏章都被留中不發。
張彝憲總理錢糧
九月，皇帝下令太監張彝憲全面負責戶部和工部的錢糧事務。起初，皇帝已經罷免了許多宦官參與外部政務，轉而將這些事務完全委託給地方督撫官員處理。然而，由於皇帝本人精明強幹且執法嚴謹，導致很多官員並不能很好地完成工作和贏得皇帝信任。第二年，後金軍南下，京城實行戒嚴狀態，於是朝廷再度派遣宦官前往軍營監察，自此以後，宦官們四處活動，動輒以上級官員的威勢傲慢地對待其他各部門，造成各級官員相互隱瞞、阻礙政務執行的現象越來越普遍。
吳牲賑撫
正月已亥日，皇帝下令御史吳牲帶著錢財前往陝西，賑濟百姓，並且招撫流竄的盜賊。皇帝指示說：“陝西地區多次傳來饑荒的訊息，普通百姓失去了生計，很多人在走投無路的情況下被迫加入賊寇行列，自冒生命危險。所有人都是我的子民，怎能讓百姓如此困苦不堪？現特撥十萬銀兩，命御史前往受災地區，依次有序地進行賑濟，並告誡無知的百姓，即便是被迫加入了賊軍，只要願意悔過自新，迴歸正途，都將被視為良民，朝廷將給予改過自新的機會，一視同仁地加以保護和救濟。”
四月，吳牲向西出發，抵達延長縣，發現有盜賊聚集在城下，便向他們宣講利害，並進行公平分發賑濟物資，賊寇們聽從勸解後各自散去。而那些流竄在外的盜賊聽聞此訊息後，也都紛紛回來接受賑濟，總計有七千多名盜賊接受了招撫。
楊鶴受降
二月，賊軍包圍了慶陽，總督楊鶴正在邠州一帶，沒有立即出兵救援。直至三月，張應昌等人開始支援慶陽，賊軍的圍困才得以解除。初九日癸未，賊軍首領孫繼業等來向楊鶴投降，楊鶴接納了他們。四月十六日已未，賊軍中的重要首領神一魁也向楊鶴投降。楊鶴列舉了他的罪狀，並對其進行責備，神一魁低頭認罪。神一魁擁有五千精銳騎兵，楊鶴誇大了招撫的困難程度，向朝廷上奏請求賜予大約一二萬兩白銀用於賑濟和安撫事宜。同時，楊鶴還向巡撫練國事提議，針對商雒地區的賊軍採取招撫策略，練國事同意了這一方案。
二月二十七日庚子，另一賊軍首領“滿天星”也向楊鶴投降。楊鶴挑選其中驍勇計程車兵編入自已的軍隊，並遣散了一萬兩千名黨羽，命令這些賊軍首領帶領各自的手下返回原籍。
然而，短短几個月內，這些投降的賊軍大多再次叛逃。二月二十九日壬寅，一部分賊軍從合水和保安逃出，攻打中部地區，並在投降賊軍的內應幫助下攻下了城池。七月，賊軍首領上天龍、馬老虎、獨行狼再次掠奪鄜州，楊鶴與王承恩等人合力擊敗了他們。上天龍率領兩千人投降，給事中孟國祥和曹履泰分別上奏指出楊鶴在招撫賊軍過程中存在的欺騙和掩飾問題。當月癸未，楊鶴被捕並被押解至刑部監獄，最終被判戍邊，原因是他在招撫中被賊軍欺騙。起初，皇帝認為楊鶴極力主張招撫政策，放縱賊軍導致民生受損，實為引發災禍的罪魁禍首，本欲嚴懲他，但由於打算啟用楊鶴的兒子楊嗣昌，因此饒恕了他的死罪。
八月，神一魁再次叛亂並佔據了寧塞，官軍對其展開了圍攻。其部下黃友才斬殺了神一魁並將首級獻給官軍，但不久之後，黃友才也背叛並逃離。