崇禎二年（公元1629年），毛文龍駐守皮島以牽制敵軍。三月，袁崇煥奏請朝廷在寧遠設立東江餉司，令東江軍自覺華島轉運糧餉，禁止登萊商船進入皮島市場。自此以後，皮島所需的京城軍餉，都必須經過關寧經略查驗後，從朝鮮貢道送往寧遠，不允許經過皮島，商賈貿易中斷，島上陷入嚴重饑荒，士兵們只能以野菜充飢。
起初，毛文龍聲稱自已麾下有十幾萬兵馬。朝廷為了據實籌措軍餉，派兵科給事中王夢尹、翰林編修姜曰廣曾前往皮島實地核查，確認有十萬之眾，但登萊道官員王廷試重新核減，定額為二萬八千人。毛文龍對此非常不滿，多次上奏請求增加軍餉，並抱怨寧遠轉運糧餉不便，但袁崇煥並未理會。毛文龍甚至請求親自前往旅順商議此事。
六月，袁崇煥致信毛文龍說，知道毛文龍島上軍糧短缺，已發餉銀十萬兩至雙島，約毛文龍會面共商消滅敵軍之策。毛文龍對兒子毛承祿說：“之前他奏請削減軍糧，現在又發糧，此事蹊蹺。”毛承祿認為：“他在擔任撫臣時就有議和之議，現在又說要消滅敵軍，恐怕另有圖謀，不如不去。”毛文龍思考良久，說：“自古以來戰、守、和三種策略並無定規，有機會就可以施行，且他與袁崇煥都是為朝廷效力，不必相互猜疑。”於是毛文龍帶了二十名部將、一百名家丁和三千兵馬前往雙島，拜見袁崇煥。袁崇煥對毛文龍極為熱情，稱遼東海外的安寧全賴毛文龍與自已共同努力。毛文龍則表示自已在海外多年，每天思慮如何抗虜，唯一憂慮的就是糧餉匱乏，如果袁崇煥能解決這個問題，使自已部下不愁軍糧，再指點傳授滅敵方略，定能抗敵成功。
次日，袁崇煥犒賞毛文龍的部隊，每人發放銀一兩、米一石、布三匹。不久，毛文龍設宴回敬，席間忽然傳來訊息，稱有萬餘清軍將渡河東進。袁崇煥派人緊急救援，只留下數百人，又與毛文龍好生交談了一番。第三天，袁崇煥登上皮島，再次大舉犒賞毛文龍的軍隊，並告訴毛文龍：“他與毛文龍以旅順為界，東行使用毛文龍的印信，西行使用自已的印信。”毛文龍答應了這一提議。隨後又傳來訊息，稱河西有敵情，袁崇煥沉思片刻，請求借用毛文龍的軍隊前去救援。毛文龍命令馬上前去營救。
第四天，袁崇煥命令軍士設下埋伏，毛文龍並未察覺，跟隨袁崇煥進入包圍圈。毛文龍的部下想要進去，卻被袁兵阻止，毛文龍的隨從也被包圍。袁崇煥對眾軍士說：“你們在海外勞苦多年，每人僅得五斗糧食，全家分食，令人心酸。你們受我一拜，今後不必擔憂無糧，只需為朝廷出力。”說完，袁崇煥向將士們行禮答謝，並且淚流滿面。
袁崇煥隨後對毛文龍說：“我節制四鎮，嚴加海禁，擔心登津成為心腹之患。東江軍糧由寧遠轉運更為便利，你為何非要解銀到登津自行購買糧食，白白浪費國家錢糧，毫無實效，留著東江有何用？”毛文龍反駁道：“您說得不對，我以九十個義兵奪取鎮江，未耗費朝廷一斗米一寸鐵，收撫遼瀋逃民九十餘萬，聚集各島為掎角之勢，透過正當途徑取得朝鮮糧餉，以信義徵收商賈稅收，發展農業、鑄造兵器，斬敵將、復城池，六七年來，只接受了朝廷一百五十萬兩銀、九十餘萬石米，怎麼能說我無功虛領呢？”袁崇煥說：“與你談了三天，才知道你狼子野心，滿口謊言。不殺你，這片土地日後還能屬於朝廷嗎？”毛文龍說：“督師您只有朝廷賜予的節制權力，怎麼能擅自殺我？”袁崇煥回答說：“今日並非我個人的意思，而是皇上的旨意。”在場的左右官員聽聞此言臉色大變，但毛文龍依舊鎮定自若，說：“既然是聖上的旨意，我就不再辯解。”於是他面向西方叩拜，說：“我久負朝廷恩情，死不足惜。”袁崇煥命令旗牌官張國柄持劍將毛文龍斬殺。毛文龍部將伏屍痛哭，袁崇煥說：“我只殺毛文龍一人，其他人繼續任職如故。”他命令收斂毛文龍的遺體，隨後上奏列舉毛文龍的十二項罪狀，並自我彈劾。崇禎皇帝認為毛文龍驕橫跋扈，命袁崇煥安心任事，並對他加以嘉獎。
當時敵情平靜，袁崇煥率軍返回，士兵們聽到毛文龍被殺的訊息，都痛哭流涕。袁崇煥假裝祭奠毛文龍，說：“昨日殺你是朝廷的法度，今日祭奠是我的情誼。”隨後流淚，將士們也跟著哭泣。袁崇煥擔心軍心動搖，召集毛文龍部下說：“你們被主帥剋扣軍糧很久了，現在有十萬兩銀子犒賞，每人領三兩。”眾人情緒才穩定下來。袁崇煥將毛文龍的部隊分為四部分，毛承祿與徐敷奏分別領軍，東江將領劉興祚與陳繼盛也各領一部，然後返回寧遠。
譯者注：1.袁嘟嘟擅殺大將毛文龍，幾乎是他這輩子最大的黑點，導致東江局勢崩壞，後金沒有了後顧之憂，而且隨後東江叛逃的將領幾乎都成為了後金功臣。袁嘟嘟此舉，為自已今後的覆滅種下了禍根，每讀至此，實在令人嘆息。