盤古開天隕落之後，他的元神化作三清，身上的精血化作十二大祖巫，也就是巫族的頭目。陰陽之氣衍生了包括十大妖聖等先天妖獸百族。百族中實力最強大的三族為龍族率領的鱗甲一族，鳳統領的飛禽一族，麒麟統領的走獸一族。鳳凰麒麟因為地盤的原因合力大戰龍族後上古三族衰落。盤古左眼所化得三足金烏帝俊與東皇太一統領了妖族。與上古巫族是洪荒中最大的兩個種族。巫妖二族實力相當，故“妖族掌天，巫族掌地”的現象，至此兩族雖時有摩擦發生，互相忍讓並未開戰。
後來妖族尋得天界，帝俊與東皇太一兩人更是自封天帝，妖族種族與數量眾多，想成為天地主角令天下萬族，所以與巫族時有糾紛。於是兩族摩擦更甚，矛盾頻繁，甚至多次發生大戰。
巫族性格暴怒好戰，妖族天帝挑撥離間，共工與祝融因水火不相容，巫族水火兩個補錄在不周山大戰，雙雙身損，巫族實力下降。其間共工憤怒撞倒不周山，天地支柱斷裂倒塌，女媧補天拯救世界，(唐朝殘餘七彩石孕育靈明石猴-孫悟空)。巫族剩餘十祖巫(帝江、句芒、蓐收、燭九陰、強良、奢比屍、天吳、弇茲、玄冥、后土)。
妖族帝俊之子，即妖族十大太子——十大金烏喝醉犯了天條，十日齊出遊歷太古洪荒大地，萬物生靈塗炭，大地頓時一片哀號。而作為大地之主的巫族更是損失慘重，隨後由於東皇責罰過輕，於是大巫夸父不滿怒而逐日，金烏曬死夸父。
大巫夸父被殺後，大巫后羿大怒，舉部落之力，加以巫族各種秘術，造箭射殺九隻金烏。后羿射殺九隻金烏後也被妖族報復圍毆至死。東皇第十子金烏（陸鴉）取夸父、后羿精氣於一葫蘆，是為斬仙飛刀(封神一戰中，金烏十太子化為陸壓道人，大放異彩)。
巫族原本人數稀少，大巫更是少之又少，此次妖族殺夸父后羿兩位大巫，屍首居然也不得保全，使得巫族全族震怒。而妖族太子十去其九，妖族更是氣憤非常，雙方矛盾不可調和，於是巫妖大戰拉開帷幕。
巫族剩餘十祖巫(共工與祝融在不周山隕落)，率領大量太古洪荒大巫(蚩尤、九鳳、刑天、相柳、於兒、禺虢等等)，一同殺上太古洪荒天庭。剩餘十大祖巫、大巫九鳳和另一位強橫古大巫一同，運轉十二都天神魔大陣，對抗妖族擺下的周天星斗大陣，以陣破陣。由於十二祖巫沒有聚齊，無法凝聚出等同於聖人肉身出手的威力。
妖族有東皇太一、帝俊、羲和、望舒、妖師鯤鵬，以及眾多太古洪荒妖神(十二妖神:商羊、陸吾\/開明獸、計蒙、英招、白澤、窮奇、甪端、欽原、鬼車、畢方、九嬰、重明鳥)，憑藉周天星斗大陣守護天庭，混元河洛大陣守護天庭。所以巫妖雙方鬥了個旗鼓相當。
由於有雙方的各種大陣守護，眾大巫也與眾妖族只能捉對廝殺，妖族不是對手節節敗退象，妖師鯤鵬看到形勢不好，在關鍵時刻偷取河圖洛書逃之夭夭，導致妖族有大敗跡象。帝俊怒極不惜自爆滅了蓐收、句芒和奢比屍；之後東皇太一又斬殺了幾個祖巫，巫族祖巫僅剩實力最強的玄冥；玄冥無可奈何之下，選擇自爆與太一同歸於盡，至此妖巫俱殞。
十二祖巫中的后土，在巫妖大戰的關鍵時刻突然心有所悟，然後以身化六道輪迴，從此地府建立，而魂魄也得以輪迴。后土娘娘本應成聖，後因為巫族殺孽太多，又被人奪了氣運，故而沒有成聖，但也是聖人一流的實力，後期建立了地祇皇庭。
戰爭沒有讓三足金烏斷絕，有兩隻三足金烏僥倖逃過一劫，其中一個就是帝俊的第十個兒子，據說就是後來的陸壓道人；而另外一個就是東皇太一的兒子東君，成了後來化身太陽，至此再也沒有出現。
女媧由於補天成聖（祝融與共工大戰，共工怒觸不周山，間接成就了女媧），不可逆了天數，另一方面和巫族玄冥后土交好，深知不可逆了天數，故未插手妖巫之爭，後囚禁妖師鯤鵬於女媧宮，鯤鵬再未現世。
經此一戰，太一、帝俊與祖巫俱身損，妖神、大巫死傷無數。剩餘有的躲藏起來，有的散落洪荒星辰之中迷失方向。許多巫族殘存者退隱幽冥地府，妖族殘存者退守北俱蘆洲。巫妖兩族由此勢弱。大戰過後，巫妖兩族徹底失去了爭霸洪荒的實力，被迫退出歷史舞臺。人族在三皇治世，五帝為君後興盛，開始了稱霸洪荒的時代。
這場戰爭導致天道規則的又一次完善，應該也是這個時期，由龍鳳大戰，巫妖大戰的範圍太廣威力太大，將上古九州大陸打的支離破碎，一部分重新融合成現在九州大地-地球，剩餘洪荒九州大陸化作了更多的星辰，飄蕩在宇宙當中。
巫妖大戰後人族大興，各個天道聖人遂開派立教。太上老君所創的人教、元始天尊所創的闡教、通天教主所創的截教興起。三清繼承盤古大弟子名號，是為親傳弟子，三清各自所創的人教、闡教、截教合在一起稱為盤古正宗，也稱玄門，後統稱道教。
接引道人演沙門，立西方教，接引道人即為佛主阿彌陀佛，準提道人則為佛母菩提祖師(與女媧關係非同一般，如收孫悟空為弟子、培育三千佛陀等)。女媧的妖教則隨巫妖大戰泯滅(巫妖大戰死傷無數，倖存的妖族中人大部分散落於洪荒星辰之中，女媧成了光桿司令)。
巫妖大戰後，東皇太一隕落，天庭無主，三清推舉鴻鈞身邊童子(昊天)為天庭玉帝、童女(瑤池)為天庭王母。
人間界仍有大巫部落，視妖族人類為一族，仍大戰不休。巫族殘餘九黎部落在蚩尤帶領下，以巫族秘術造十二都天神煞大陣，欲聚十二祖巫之靈為已所用。但人教大興，軒轅拜師於廣成子(廣成子為闡教十二金仙之首)，廣成子助軒轅對抗蚩尤(又有昊天天帝派九天玄女贈送天書)，滅其部落，軒轅遂為人皇。
人教大興，軒轅黃帝屢屢得勝。蚩尤戰敗，巫族眾人痛苦不堪。由於軒轅戰蚩尤時，昊天天帝派九天玄女贈送天書支援，於是大巫刑天一怒之下欲伐天庭，逆天而行。刑天大戰昊天天帝，被昊天天帝一劍斬下頭顱，不料刑天怨念太深，沖天的暴戾之氣嚇跑了昊天天帝。
巫族殘存勢力極少，其中以九鳳為首。隨後，人巫兩族主張以和為貴，不料巫族首領九鳳被顓頊偷襲算計，中了軒轅劍後重傷，逃進了洪荒星空。在洪荒星空中，九鳳恢復傷勢，更煉化了三顆太古星辰(七殺、破軍、貪狼)。隨後打算回到洪荒人間，殺死轉世的顓頊，以報被辱之仇。