一晃十幾年那時間過去了，人族在神農的帶領之下，不懼疾病，養禽足食。神農也從成年的模樣變成沉穩內斂的中年人。
之後，神農氏便在人間各族尋訪，尋找大賢。經過多番打聽，又是幾年過去，終於打聽出來有熊氏出了位大賢。他親自上有熊氏部落打探訊息，在有熊氏與公孫軒轅幾番交談之後，神農氏便決定禪位於公孫軒轅。
神農在人族與各位首領與族人會議，三月之後證道，將人族共主之位傳給公孫軒轅。各位族人也知道，神農為了找到下一任人族共主，已經尋找了好幾年，多方打聽，四處尋找，終於打聽到了這個公孫軒轅，他們也都知道這公孫軒轅的才能，是能夠勝任人族共主的。
神農禪位祭天，人族又多了一位人道聖人。這次來接見神農的竟然是天皇伏羲，伏羲道：“賢弟，一別經年，你已將人族治理的這麼好。為賀你今日證道之喜，為兄特意從火雲洞趕來接你。”神農道：“有勞兄長。”神農從䄂中拿出崆峒印，將人族共主之位傳給軒轅，天上降下了大量的功德，他佔了九成，成玄都佔一場。
神農對軒轅道：“賢弟，從此人族就交給你了，我與伏羲兄長在火雲洞等你。”軒轅道：“二位兄長自去便是，吾白不會讓兄長失望。”伏羲與軒轅大笑離去。
軒轅在仙師廣成子的教導之下，也是日益精進。自軒轅繼承共主之位以後。九黎部落的蚩尤和幾位野心勃勃的部落首領並不服氣。於是，戰火又宣染了人族大地。人族開始四分五裂，軒轅也不可能像前面兩位人皇那樣，以仁德來治理天下了。
此時，軒轅想要一統天下，讓人族走上繁榮昌盛，已經太難了。人族越來越壯大，而且外患過多，他縱然有雄心壯志。但是，還是與蚩尤打了好幾年。蚩尤乃巫祖後人，身上有巫族的血脈，想要打敗他絕非易事。
蚩尤想要搶佔人族氣運，恢復巫族當日在人間的主導地位，做洪荒的主人。老子為了人族的正義，鑄造了一把正義神劍，此劍來頭不小，此劍乃當年天帝陛下帝俊的佩劍。老子又在劍裡邊加了不少東西。為此劍取名叫做軒轅劍。後命令廣成子交給公孫軒轅。
龜靈在遠處看到玄武的時候，感受到他身上有自家師尊身上的一絲法力。哦，她想起來了，當日師尊為了尋找撐天之物，不得已尋到了那隻巨龜。那巨龜不想師尊沾染因果，就自斬了自已四足，也因此隕落。
他師尊將這巨龜的魂魄投入六道輪迴，他們離島的時候和他們說過，要收這隻玄龜為徒的。若是他們發現了這隻巨龜，就將她帶回金鰲島。真是踏破鐵鞋無覓處，她不過是從這裡路過邊，就找到了師尊要找的人。但是她能感覺到，她的另一份機緣已經出現，而且就離自已不遠。她既然知道那巨龜的下落，那麼再晚幾天再帶他去見自家師尊也不遲了。
後來，軒轅也請了不少仙人幫助，十二生肖，天地四靈青龍、白虎、朱雀、玄武。仙師廣成子還在玉虛宮請了一堆師兄弟幫忙。最後，幫助軒轅消滅了蚩尤。統一了人族所有部落，蚩尤部落的人民可以與所有住的人類一樣，互相幫助，互相學習。一時之間，其樂融融。
正與蚩尤打的過程中，為了辨別方向。他發明了指南針，創造了黃帝內經，他的妻子嫘祖出門遊玩，看到樹上長了很多啊長白色的東西，摘下一個放在嘴裡，竟然咬不動。她將那些東西全部摘下帶回去，放進鍋裡面用水煮，後來用筷子挑的時候，竟然都挑出了絲，這蠶絲就是這樣發明的。
他的屬下倉頡看到族人都是用麻繩來計功過，苦思冥想良久，恰巧龜靈聖母路過此地，看到倉頡就要明悟了。
她突然想起師尊通天說的那番話了。將河圖洛書呈給天皇伏羲之後，她在人間，還有一份機緣。就覺得她的那份機緣在此人身上。於是化作原形烏龜，爬到了倉頡身邊。倉頡看著馬龜殼背上橫豎交加的紋路，手指點在龜殼上，順著龜殼背上的紋路畫來畫去的。龜靈縱使心中有氣，也只有忍了。
倉頡突然腦海中一片空靈，彷彿找到了靈感。撿起樹上的樹杈在地上劃來劃去，後來，將他畫的那些東西呈給了共主軒轅。倉頡併為此取了一個名字叫做“字。”軒轅看到之後大喜，他將文字在各個部落裡推廣。
在軒轅同意了所有人旂部落之後，便覺得自已的任務完成了，將共主地位傳給了另外一位人族大賢顓頊。
軒轅在位時，是主殺伐的。只是他這次得到的功德，比起天皇伏羲和地皇神農都要多出很多。他得了八成，廣成子得了一成，那些幫助過他們人族的仙卜們，也得了一成。只是這場功德也不是好得的，因為玉虛宮的十二金仙殺的人太多。最終還是給玉虛宮的十二金仙染上了因果殺劫。
人族也越發走向了繁榮昌盛，等到了最後一帝的時候。大禹犯了難？他分九州，治理大水之後。因為他不知道要找誰來接替自已的位置，他將自已的難處轉告了師尊孔宣與趙公明。
趙公明回了金鰲島，通天得知趙公明回來尋他，便出了混沌珠。此時她已經是混元大羅金仙后期，已經在衝擊混元無極金仙了。趙公明將此事轉告了師尊通天，通天沒有多說什麼？而是告訴趙公明，讓他鑄造九鼎鎮壓人族氣運。
之後，通天傳了東海三太子敖丙，讓他將四海龍王全部宣到金鰲島碧遊宮。敖廣還以為敖丙做了什麼事情惹到了通天聖人，一路上沒有給他任何好臉色。敖丙也是委屈，她本來想拜通天聖人為師，可是通天聖人出關之後見了趙公明，然後便是讓他傳了四海龍王，他也不知道通天聖人有沒有接受他來拜師。