在成功解決了又一起超常事件後，新一和黑羽並沒有選擇休息，而是決定繼續他們的探索。他們意識到，隨著世界的變化，新的威脅和挑戰不斷出現，而他們作為守護者，有責任保護世界的和平與安全。
他們的下一個目標是一個位於深海之下的神秘遺蹟。根據可靠的情報，這個遺蹟可能是古代文明的一部分，而且可能隱藏著關於地球起源和未來的重要資訊。這些資訊對於理解當前的超常現象，甚至可能對抗未來的威脅，都有著不可預知的價值。
新一和黑羽組織了一支精英隊伍，包括了小蘭、阿笠博士、服部平等核心成員。他們進行了周密的準備，包括研究古代文明的文獻、設計潛水裝備、準備戰鬥武器等。在出發前，他們還進行了多次模擬訓練，以確保在實際操作中能夠應對各種突發情況。
當他們乘坐特製的潛水艇抵達深海之下時，眼前的景象讓所有人都感到震撼。一個巨大的、古老的城市遺蹟出現在他們的面前，城市的建築風格獨特，顯然不是現代人類的作品。隨著潛水艇的深入，他們還發現了一些複雜的機械裝置和未知的文字元號。
在遺蹟中，他們不僅收集了大量的資料和樣本，還發現了一些古代文明的遺物，這些遺物似乎蘊含著強大的能量。阿笠博士興奮地表示，這些遺物可能是解開古代文明能源秘密的鑰匙。
然而，就在他們準備返回海面的時候，遺蹟中突然發生了劇烈的能量波動。新一和黑羽立即意識到，這可能是由於他們的到來或者是遺蹟中的某種保護機制被觸發。他們迅速組織隊伍撤離到安全區域，同時小蘭和阿笠博士則留下來分析能量波動的原因。
在安全區域，新一和黑羽透過潛水艇上的通訊裝置與小蘭和阿笠博士取得了聯絡。小蘭報告說，能量波動的原因可能是遺蹟中的一個古老的能量源被意外啟用了。她建議，如果可能的話，他們應該嘗試穩定能量源，以防它對周圍的海洋生態系統造成破壞。
新一和黑羽決定採取行動。他們穿上了潛水服，帶上了必要的裝備，開始了對能量源的探索。在探索的過程中，他們不僅要面對能量源可能帶來的危險，還要小心遺蹟中可能存在的其他未知威脅，比如古代的自動化防禦系統或者是其他潛在的探險者。
在一番努力後，新一和黑羽終於找到了能量源的控制室。控制室內充滿了複雜的機械裝置和閃爍的指示燈。他們小心翼翼地分析著每一個控制單元，試圖找到穩定能量源的方法。
就在他們即將找到解決方案的時候，控制室的門突然開啟了，一群穿著古代服裝的人走了進來。這些人的出現讓新一和黑羽感到非常意外，他們原本以為這個遺蹟已經無人居住了數千年。經過一番交流，新一和黑羽瞭解到這些人其實是古代文明的後裔，他們一直在隱居，保護著這個遺蹟和能量源。
新一和黑羽向這些古代的後裔解釋了他們的來意，並表示他們沒有惡意，只是想要了解和學習古代文明的知識。古代的後裔們在確認了新一和黑羽的誠意後，同意幫助他們穩定能量源。
在古代後裔的協助下，新一和黑羽成功地穩定了能量源，避免了它對周圍環境的潛在破壞。作為回報，新一和黑羽承諾會保守這個遺蹟的秘密，並尊重古代後裔的生活方式和選擇。
當一切恢復正常後，新一和黑羽帶著他們的隊伍和收集到的資料離開了深海遺蹟。他們的心中充滿了對古代文明的敬畏和對未來的期待。他們知道，這次經歷只是他們漫長旅程中的一段插曲，而他們的探索和學習將永遠不會停止。新一和黑羽將繼續領導守護者聯盟，面對未來的挑戰，守護這個世界的和平與安寧。