“佛爺，索南總管派人回報，汗王和扎寺代表強佐多仁已到堆龍大橋，寺僧正列隊出迎。”
“益西呀，你記得不，那個金達寺中年僧人說小藏巴汗計劃怎麼處置我？”
益西想了一下，說：“記得。好像是說要將佛爺關進寺後密洞。”
“走吧，我們出寺迎接。”
1642年3月15日，一個新的西藏地方政權誕生了。它由蒙古和碩特汗王與黃教達賴喇嘛聯合執政，因當時五世達賴居住和辦公的地點在哲蚌寺所屬的甘丹頗章宮，故史稱甘丹頗章政權。從此，藏傳佛教中的格魯派上升為主流，直到今天。
這一年，五世達賴27歲，四世班禪73歲，固始汗61歲。
格魯最終登上政治舞臺是一代代師徒不懼危難、契而不捨，歷經240年努力的結果。
元初，薩迦派的八思巴叔侄首先歸順蒙古統治者，西藏正式進入中華版圖，該派得到元朝支援，但不斷受到噶舉派的挑戰，到元朝後期愈演愈烈。《西藏民族政教史》指出，“因此兩派互爭外勢，故真學實行之士，日漸減少，至元末明初，顯密教法衰微甚矣，除少數大德外，幾不知戒律為何事，寺院僧侶盡同俗裝。”
時代在呼喚變革，代表人物是佛教史上著名大師——宗喀巴（1357-1419年）。宗喀巴生於元末青海湟中縣，7歲出家，16歲入藏訪學，遍歷各宗，兼蓄優長，創立了新的教派——格魯宗，“格魯”意為守規，可見該派宗旨。1409年即明永樂七年，宗喀巴在大昭寺舉辦了僧俗數萬參加的祈願大法會，亦稱傳召大法會，會後在城東建立格魯首寺——甘丹寺，標誌著教派正式成立，是年，他53歲。
作為一位宗教改革者，宗喀巴一生著述甚豐，在《菩提道次第廣論》、《密宗道次第廣論》等經典中，系統提出了他的佛學理論：以大乘空宗為核心；顯密雙修，次第修行；教派獨立，以戒為師；建立學經考試製度，規定學位等級。
甘丹頗章政權成立大會在當時的首府日喀則召開，那一天經聲似海，旗幡如雲，隆重熱烈不消細說。五世達賴坐高臺正中，固始汗與四世班禪分坐兩側，象徵藏蒙聯合政權建立。據《續藏史鑑》載：固始汗“率兵西支，盡奪噶瑪政權，水馬年，西藏王侯莫不俯首稱臣，遂為西藏三部之王……王遂以西藏三區十三州政教全權悉以供養第五世達賴喇嘛”。固始汗承認達賴喇嘛為最高精神領袖，也是西藏一切權力的最終所有者，雙方共同任命一位藏人出任第巴一職，協助治理。這是一種過渡性的二元權力結構。
固始汗提議：“佛爺，小藏巴汗官邸宏大，可否請佛爺法駕西移。”
五世達賴略一想說：“多謝汗王美意。甘丹頗章乃前世所居之地，俗話說一動不如一靜，就不必搬遷了，諸事由第巴協助汗王處置即可。”
“也好。弟子思之再三，第巴一職甚為關鍵，可否由總管大人出任，請示下。”
這有點兒出乎五世達賴預料，他想了一會兒說：“好吧，索南與汗王相識日久，多次配合，出任第巴倒也合適，不過凡事還是以汗王為主。”
五世達賴返回拉薩後，在大昭寺廣場舉辦了慶祝新政權成立大法會，散會後，僧人們留在廣場徹夜狂歡。哲蚌寺那個一向兇巴巴的格貴大喇嘛，邊扭動身子邊哼唱起家鄉邊壩的小曲，逗得眾僧大笑。半夜時分，人們發現西邊遠處山坡上亮起了一盞盞燈，越來越密，最後整面山坡都亮了，像是在火焰中燃燒，山下寺院燈火通明，彷彿透明一般。這就是哲蚌寺著名的十萬佛燈，伴隨著點亮一盞盞酥油燈的，是徹夜不息的羊皮鼓金鎖吶。
固始汗將小藏巴汗宮中全部財寶奉獻給五世達賴，將其宮殿、府邸拆毀，同時將其新建的噶瑪大寺扎什日倫推平，木料、器具、佛像等各種物品統統運往拉薩大昭寺存放，供甘丹頗章政權使用。
喪失政權的噶瑪噶舉派不甘心失敗，極力煽動，想利誘噶舉宗中其他派系合謀推翻甘丹頗章。黑帽法王曲引多吉潛至山南洛扎地區，將上次在雜芒錯被擊潰的殘餘力量重新集結髮動武裝反抗，密派被固始汗寬恕得以漏網的卻英去鼓動止貢噶舉起兵動手，互相呼應。止貢活佛仁欽曲扎披掛上陣，聯絡潘德寺噶舉僧人和一批部落首領，強佔黃廟，驅趕殺戮格魯僧人，一時聲勢不小。固始汗派大公子丹增率蒙古騎兵和支援黃教的部落民兵，趕往工布地區痛加圍剿，派七公子扎什攻擊洛扎地區，又派圖布率兵討伐其他零星反抗武裝，前後用了兩年，全藏息平。
黑帽法王曲引多吉翻過大山逃到雲南麗江沐土司處，後經與格魯友善的噶舉達壠寺活佛從中調解，18年後，曲引多吉返回西藏，與五世達賴會見達成協議：噶瑪派承認新政權的統治地位，接受第巴府派員長期駐寺監視，五世達賴同意他返回本寺——楚布寺，返還廟產和個人財物，宗教活動照常進行，只是對寺廟僧人數量作了限制。
止貢活佛兵敗後逃往本寺後山，丹增追進一看，一面坡上密密麻麻許多巖洞，不知該如何下手。原來止貢最重密修，故在山中加工天然巖洞和搭建石頭小禪房，提供給本派或外派高僧靜修，以修瑜伽那熱六法為主，尤以拙火定法為修練基礎，若練就，據說冬天可赤身，發揮的體熱能溶化洞外積雪。
當時，年輕的錯那宗莊園主首領賈雅巴獻了一計：“大公子，這密洞上千，若逐個搜尋太費時日，可讓士兵每人持一長杆，探入洞中，若無鳥雀飛出，即可證明洞內有人。”果然，用此法，當天下午便將那活佛活捉。
傍晚，溝內復於平靜，一抹餘輝灑在坡上，位於峭巖之上的止貢提寺貼壁凌空，頗為壯觀，周圍環列蜂巢狀洞屋數不勝數。丹增不住口讚道：“地勢形勝，真乃一方靜修聖地呀。”
賈雅巴一撇嘴：“此溝山水絕佳，只是這止貢歷代活佛高僧中不乏尚武好鬥者，卻是怪哉。”
被活捉的仁欽曲扎是止貢第二十三世活佛，押解到第巴府後，索南群培根據罪狀將其打入雪巴列空大牢。這活佛雖有愛打仗的毛病，卻也學識淵博、修行出眾，故入獄不久，其弟子便糾集附近崇拜他的僧俗人等準備營救。五世達賴得知這一情況後，給第巴寫了一信，希望從教派團結、穩定局面出發，慎重處理此事。於是，索南進行訓誡後，放出了活佛。
西藏局勢穩定後，固始汗與索南第巴擬定了一個善後處置意見，主要有以下條款：
1、所有噶瑪寺院及僧人，全部換帽屬黃，有不從者，在手背打上印記強制移交。
2、追隨噶瑪迫害格魯和武裝對抗甘丹頗章政權的貴族，莊園、土地、屬民一律沒收，分別賜給黃教寺院和擁護格魯的貴族，部分由新政權直接掌握。
3、首府由日喀則遷移到拉薩，固始汗仍住日喀則。
4、各地部落首領和其他教派寺院之間不準自行通訊往來。
五世達賴接到這份報告後陷入沉思。從少年時期就備嘗打擊迫害、飽經風浪的經歷，使這位年輕的黃教領袖，有著超出同齡人的成熟、沉穩、冷靜。
一日，五世達賴對第巴說：“索南呀，當初忽必烈皇帝支援薩迦，曾想下令廢止西藏其他教派，被薩迦首領八思巴勸阻，由此形成不可強制滅宗改派的傳統。明朝時帕竹派掌權，基本也做到了，只是後期噶瑪上臺壞了這個規矩，不得人心，導致垮臺。所以，我的意見是噶瑪黑帽系本寺楚布寺和紅帽系本寺羊八井寺保留，沒有參與武裝反抗的該派寺院也容許存在，換帽寺院僧人的去留自便。”
索南認真地作著記錄，不時點頭。
“索南呀，還有益西，你們說說，這方圓萬里的雪域該如何治理？”
“各地戰事剛結束，我與汗王幾次商議，主要是從穩定局面著眼，長遠治理的辦法還不及思考，汗王說佛爺對今後方略有何定見儘可示下，當照辦。”
“這個問題我也正在思考，恐怕短時間裡難以拿出一個方略，正因如此，我們做事應該留下回旋餘地。被沒收的噶瑪派寺院和部落首領的土地、莊園，我不主張分配下去，先由政府集中管理，有功之人可以另外方式獎勵。你們二位也知道，我們連支軍隊都養不起呀。”
二人深有同感地點點頭。
“索南呀，師父身體怎樣？”
“佛爺身體尚可，只是年歲大了，行走不便。”
“回想這些年，我格魯幾次九死一生，若不是師父多謀善斷、鼎力支援，真不知道今天會是個什麼樣子，增加師父的供養是應該的。”
固始汗和索南根據五世達賴的意見，對原擬規定作了變動調整。固始汗宣佈：將西藏每年全部稅收作為達賴喇嘛的供養；對保留的噶瑪寺廟僧人名額嚴加限制，第巴府派員長駐楚布寺監視；沒收的土地、莊園交第巴府統一管理，對罪責較輕者處以高額罰金。
後來，四世班禪針對執行中發現的問題提出一些建議，得到採納，比如減輕三分之一罰金，儘快恢復正常的通訊交往等。噶瑪有的喇嘛仍不甘心，或寫文章或發表演講攻擊格魯學說和新政權舉措，四世班禪不顧年高體弱，親自撰寫了《獅子怒吼》，系統深入地駁斥了對方觀點，很快消除了那些攻擊言論的影響。
在這期間，固始汗作了一件對黃教意義深遠的事情。在與噶瑪二十多年的生死較量中，四世班禪深謀遠慮，砥柱中流，贏得了格魯全體僧眾甚至外宗僧人的敬重。順治二年（1645年），固始汗援引當年土默特部俺答汗贈予黃教首領索南嘉措“達賴喇嘛”尊號的前例，向德高望重、學識淵博的羅桑曲結贈送了“班禪博克多”尊號。“班禪”是藏語，“博克多”是蒙語，都是大智慧的意思。從此，“班禪”成為一個專用稱號，羅桑曲結據此追認了前三世。互贈尊號，是當時流行於蒙藏的一項重要社交活動，是對對方的褒揚、認可與支援，是雙方結盟的一種形式。
爾後歷輩班禪均繼承了前輩顧全大局、堅毅忍耐的傳統，對國家統一、民族團結和藏區的穩定發展作出了重要貢獻。