策零做事雷厲風行，立即採取以下幾項重大措施：
一、宣佈拉昌汗所立伊喜嘉措為假達賴，囚禁於藥王山。
二、請五世班禪為準噶爾官兵講經傳戒，然後遣兵護送五世班禪回扎寺，答應不殺害拉昌汗家屬。
三、任命達瓦為第巴，恢復卻傑職務，並著其代理宮中總管。
四、派人前往理塘尋找、迎請靈童，未果。
五、為替桑結大人申冤，清算追隨拉昌汗的貴族、寺院。
前幾項還頗得人心，這第五項做下來，卻暴露了策零的狠毒之心。撤職查辦，沒收財產，倒也罷了，接著是對其本人或家屬酷刑拷打、百般凌辱，逼使其交出隱匿錢財，到後來，凡是富戶，盡遭劫掠，不斷傳出嘶叫哭喊之聲，令人毛骨悚然。接著奪取寺廟財產，敏珠林、多吉扎和香色等寧瑪寺院，更是被一把火夷為平地，僧人遭毆打、殺戮、驅逐，連三大寺亦難完全倖免。一群士兵衝入宮中，見五世達賴靈塔上珍寶甚多，竟欲毀塔搶寶，幸虧達瓦、卻傑聞之趕來力阻，才未得逞。掠奪的貴重財物全部裝車運往伊犁。
達瓦、卻傑目睹現狀，倍感失望，後卻傑到色拉朱康出家，因精通佛法、才藝雙全，信徒眾多，被尊為朱康活佛，很有名氣。達瓦怕任由策零胡鬧，眾生更當遭殃，自已在職或許還可起點阻止作用，於是勉為其難留了下來。
康熙聞報後，下令征討，就近派封堵阿拉布坦的總督額倫特和侍衛色楞統兵數千進剿。策零率兵北上迎戰，用誘敵之計，不斷敗退，清兵果中計猛追。
這一天，追到日暮，不見了敵騎，只見一條大河波浪滔滔，阻住前路。紮營不久，忽得報，後隊輜重盡被敵騎劫去。待次日天明，發現周圍山頭佈滿伏兵，幾番突圍，均被強弓硬弩射回，相持十數日，可憐清兵殺馬掘草，能食之物都已吃盡，最後全軍餓斃，無一生還。時間在1718年，康熙五十七年。
皇帝大驚，朝臣譁然。廷議時多主從緩用兵，皇帝也猶豫了。數日後，西寧大臣送上的一份奏報，才堅定了皇帝出兵的決心。奏報中說，阿拉布坦命策零強令三大寺和五世班禪各派代表前往準噶爾大帳商議藏事。完全是主子的口吻和作派。皇帝深知，若不當機立斷，蒙藏危矣。
康熙晚年，不能不考慮立儲大計，然遍觀諸子，唯有十四阿哥為人寬厚，才華出眾，故頗為屬意。這次出兵由他出掌帥印，一來是增長曆練，二來可建立功業，三來，萬一自已……他手握重兵，方可順利登位。
1719年，康熙五十八年初，皇帝下旨，兵分三路，合圍進剿，務求全勝。中路由皇室子弟、平逆將軍延信統領，從安多南下。南路由四川提督年羹堯、副將嶽鍾琪，渡江經昌都向拉薩挺進。北路由靖逆將軍富寧安兵出哈密，直指達坂城，牽制阿拉布坦。皇十四子允禵出任撫遠大將軍，駐節西寧，統領三路大軍。
下半年，各路均已準備停當，十四阿哥遣人給策零送去一信，表示願意談判，請準噶爾人體面離開西藏。那策零上次獲勝，驕狂已極，怎肯撤回，自然拒絕了和談。
當時中路清兵人數有限，不但地理生疏，且糧草供應也需得到當地王公支援，羅卜藏趁機要求朝廷正式冊封邊巴為達賴靈童。此舉雖有要挾之嫌，皇帝再三考慮，還是答應了：一是達賴之位不可虛懸過久，否則再冒出幾個靈童，麻煩大矣；二是可使這次行動獲得蒙藏上層及民眾廣泛支援。
1720年，康熙五十九年二月，聖旨到西寧，正式冊封邊巴為“宏法覺眾第六世達賴喇嘛”。羅卜藏本以靈童為六世轉身，沒想到封的是六世真身，但目的已達到，故不去多想其他。是年，邊巴十二歲。
朝廷要護送達賴靈童進藏的訊息傳出，安多各王公紛紛出人出物相助，哲布大活佛和內外蒙古各旗扎薩克均遣代表護送隨行，再加上沿途自發迎接、尾隨的信眾，足有兩三萬人，那隊伍確是熱鬧壯觀。
策零得報清兵兩路前來，命託布齊率一半人馬防堵金沙，自率三千正面迎敵，強徵藏人運輸糧草，面對數倍官兵毫無懼色。清兵都曉得這個策零厲害，不敢貿然進兵，主將延信只是守著“穩紮穩打、步步為營”八字訣，大營板塊緩緩前移。
一天早晨，策零發現士兵都登高眺望，也上去張望，只見清兵後面出現了一支隊伍，旗幢風馬花花綠綠，嗩吶鼓號隱約可聞，眾人都猜測是護送靈童的隊伍，不待回到營帳，前來支差的藏人跑了個一乾二淨，再看手下，都面露惶惑之色。策零恐日久生變，即連續向對方發起挑戰，延信恐又是誘敵之計，只命放箭死守。
再說南路，由於第巴達瓦放棄抵抗，託布齊孤立無援，兵敗被擒，嶽鍾琪順利進入拉薩。達瓦又斷北路糧草。訊息傳到軍前，士兵更無鬥志，那策零果然詭計多端，白日猛攻數次，乘夜色一路狂奔逃回老巢。
天明後，清兵不聞對方營中鼓角，疑其誘敵，直至午時，才有大膽軍士過去探視，發現幾名重傷者，方知準騎已逃。延信聞之大喜，立派快馬向西寧行轅紅旗報捷。
是年八月，清軍、羅卜藏等安多王公和內外蒙古各旗代表，護送靈童抵拉薩，九月十五日舉行坐床典禮。十一月初五，五世班禪為靈童授沙彌戒，取法名格桑嘉措。
延信將策零委任的官員和安插進三大寺的準噶爾喇嘛抓捕，擬將頭目斬首，嶽鍾琪為達瓦求情，得以免死。伊喜嘉措在藥王山囚禁的三年中，虧有江央多方關照，未吃大苦，此時朝廷命押解進京，安置於京郊香山實勝寺，離藏時，五世班禪特為送行。
康熙鑑於以往教訓，決定廢除藏王制，為防止一人專權，改由任命三至五名藏族官員共同處理日常政務，稱噶倫。
羅卜藏大失所望，費盡心機，卻落得一場空，怎肯就此罷休，於是暗中勾結阿拉布坦，煽動安多王公，密謀造反，有不從者，即攻之。朝廷聞之，初時欲加以規勸，不想羅卜藏挾裹僧俗，與官軍對陣，益發猖狂。
1721年，康熙六十年，朝命十四皇子繼續坐鎮征討，調年羮堯為陝西提督，軍前助剿。這老年確是善戰，一路殺去，羅卜藏連敗，又被嶽鍾琪劫營，只得騎了白駝，連夜逃往準噶爾。直至乾隆二十三年，平定準部，將其押回京師，皇帝見他老態龍鍾，免了死罪。
安多尚未平靖，已到1722年，康熙六十一年。這一年，康熙六十九歲，從春天起就感身體不適，步履沉重，天涼後到暢春園靜養。許是受寒，突然病倒，自覺來勢兇猛，恐不能再起，急命隆科多召諸皇子前來，先是四阿哥到，問其他人，隆科多隻答“隨後即到”。康熙知大限將至，擺手讓四阿哥退下，喚來秉筆太監，口述遺詔。此時已是氣息奄奄，吐字含混，說到皇十四子時，隆科多向太監複述成“皇四子”。康熙神志尚清，急糾正道：“十四子。”隆科多忙點頭：“奴才明白，是四子。”太監遲疑不敢下筆，隆科多瞪一眼，“聽見沒有？皇上說‘是四子’。”老皇帝氣得揪住被子，伸出顫抖的手，未及說出話就駕崩了。按說隆科多與四阿哥和十四阿哥一般遠近，然老四平日巴結討好，故關鍵時刻，阿舅倒向了老四。
隆科多看了一遍遺詔，命掌印太監蓋上玉璽，冷笑著揣進袖中。
片刻，諸皇子趕到，痛哭一場，隆科多宣讀遺詔：“皇四子人品貴重，深肖朕躬，必能仰承大統，著繼朕登基，即皇帝位。”諸皇子不服，尋那秉筆太監，早已不見人影。八阿哥提出十四阿哥未到，大典暫緩，老四隻好答應。
當晚兩匹快馬一前一後向安多馳去。一是隆科多以朝廷名義請十四皇子速來奔喪。一是四阿哥給年羮堯寫的親筆信。此時安多戰事已基本結束，十四阿哥接信後全軍舉哀，商之年羮堯，欲帶十萬大軍返京。那老年作忠心狀說：“請大將軍先行，我這裡召集人馬，一兩日內即啟程。”
十四阿哥回京後，聽了諸阿哥所述，也甚為不平。大家都清楚，老皇帝生前最看重的是十四阿哥。次日會議上，十四阿哥估計大軍該到了，提議再等等。老四卻陰笑著說：“十四弟啊，我看不必等了，年將軍已升任陝甘總督，受封一等公，接替了你的撫遠大將軍一職，此刻，怕正在開慶祝宴會呢。”
老四登基後，帝號雍正。對諸兄弟逐一迫害，名單上本有十四阿哥，因母后以死相逼，才算高抬貴手，封為守陵大臣，發往京東遵化馬蘭峪。直至乾隆中期，總算皇恩浩蕩，才允許這位白髮蒼蒼的十四叔回京養老。
雍正頗通佛法，繼承了尊崇黃教的國策，即位後，將自家府邸雍王府施捨為喇嘛廟，稱雍和宮。又將先皇修建的那座中西合璧的大園子，由暢春園改名為圓明園，並在園內建正覺寺、功德寺。何故？因他法號乃圓明居士也。
雍正對西藏事務也甚為關注，一是明確邊界，將金沙以東康區劃歸川省，中甸一帶劃歸滇省，玉樹四十族劃歸西寧大臣管轄。二是派出大臣駐藏辦事，留駐一定數量的軍隊。至乾隆年間，逐步形成達賴喇嘛和駐藏大臣共同治理、下設噶廈政府、遇大事不決奏報朝廷定奪的體制格局。
邊巴成年後，律已甚嚴，謙遜儉樸，頗得眾生愛戴。史稱格桑嘉措“位極帝師而無纖毫驕慢，教證功德內已圓滿，仍從他人聽聞經論，曾無暫舍。修證已到高深境界，然舉止動靜，取水脫鞋皆依戒律而行。富有全藏受用無量，然所著服裝每年只換一套。”
社會雖然恢復穩定，但藏人與朝廷卻彆著一股勁。官方文書稱邊巴為六世達賴，可西藏僧俗卻認為他是七世達賴。
1737年，乾隆二年，五世班禪病逝，俗壽七十四歲。乾隆五年，七世達賴為其靈童取法名巴丹益西，次年舉行坐床大典，是為六世班禪，時年五歲。
1757年，乾隆二十二年，格桑嘉措圓寂，俗壽五十歲。其轉世由章嘉三世活佛會同三大寺認定，於1762年，乾隆二十七年，在布達拉宮舉行坐床大典，是年六歲。三年後，拜六世班禪為師，受沙彌戒，取法名強白嘉措。1777年，乾隆四十二年，受比丘戒。那時，六世班禪內心非常焦慮，強白已受比丘，很快就要親政，可對達賴喇嘛序列的認定上，朝野仍不一致，若長期別下去，將成為不安定的引子。當他知悉朝廷將於1780年即乾隆四十五年在熱河山莊祝賀皇帝七十大壽時，決定上表請行。
乾隆自然非常高興，認為班禪佛爺前來，“實屬吉祥之事”。除命沿途預作準備，還在山莊外仿照扎寺修造須彌福壽寺，在京郊香山建宗境大昭寺，在城北建黃廟，京城人習慣稱為西黃寺，預作下榻之處。派出六阿哥和章嘉三世迎至岱海，賞坐黃轎，免跪拜，至山莊時，特許乘轎入宮門，當皇帝出迎並用藏語問候時，班禪大為驚訝，極為感動。
祝壽大典過後，班禪感到不適，御醫診斷為天花，乾隆大驚，囑盡力治療，先不告之。當時此病幾為不治之症，且傳染性強，但皇帝仍前往探視，問佛爺有何願望。班禪來時從張家口直奔承德，故答曰，返程時願到京城一瞻。
乾隆作了安排後，先到東西陵祭祖。班禪則在京參觀了圓明園、香山、雍和宮及繁華街市後，下榻西黃寺。後病勢日漸沉重，皇帝再度看望，盡力挽救，命京城所有寺廟誦經祈禱。1780年，乾隆四十五年，十一月初二大師圓寂，俗壽四十七歲。皇帝率滿朝王公大臣前去弔唁，獻上哈達，長久祈禱發願，極其悲傷。火化後，靈骨舍利置金塔中，以盛大儀仗送返扎什倫布寺。西黃寺內建清淨化城塔一座，內放大師生前所用之物。該塔至今完好。
這次班禪東行，對清政府與蒙藏地方的聯絡、溝通，對各民族之間的理解、團結，有著重大意義。時隔不久，乾隆在上諭中將強白嘉措稱為八世達賴，等於承認了格桑為七世，倉央為六世，既順應了民意，也不失皇家體面，將拖了八十多年的一樁公案圓滿了結，雪域眾生心悅誠服。
後來，布達拉宮內為倉央嘉措塑像一尊，是少年容貌，法冠略偏，兩隻純淨的眼睛注視著他熟悉的這片土地，透著天真俏皮和一絲迷惘。