“叮零零”放學的鈴聲在學校的每個角落迴盪著，學生們像一群剛從籠子裡放出來的小鳥，從校門裡衝出來。大家有說有笑地走著，只有一個人例外，那就是柯南。
柯南走在回家的路上，腦袋裡卻回想著今天在學校發生的奇怪事：上午第一節課下課，同學們都在教室裡玩耍，只有小林美子一個人坐在教室裡看書。柯南對她的舉動感到好奇，就走過去拍了拍她的肩膀，想嚇嚇她。可令他吃驚的是，小林美子竟然一點反應都沒有，仍舊在看書。柯南覺得不對，就連忙去叫老師。老師來了後，看見小林美子已經臉色發青、全身僵硬地坐在那兒了。老師連忙叫來救護車，把她送去了醫院。可醫生檢查後卻說：“她已經死了，死亡時間應該是昨天夜裡。”可昨天夜裡小林美子明明還好好的呀，怎麼今天就……柯南帶著這個疑問來到了小林美子的家。
柯南站在小林美子家的門前，猶豫著要不要進去。畢竟死者為大，他這樣去打擾她的家人不太好。可如果不進去，那他怎麼解開這個謎團呢？柯南思考了很久，最後決定還是進去。他按了一下門鈴，開門的是小林美子的媽媽。
“阿姨好！”柯南很有禮貌地問候。
“哦，你好呀，柯南。你來找我有什麼事嗎？”小林美子的媽媽疑惑地問。
“阿姨，我今天來是想了解一下小林美子昨天晚上的情況。”柯南說。
“昨天晚上？美子昨天晚上很正常呀，吃完飯看了會兒電視就去睡覺了。怎麼，美子在學校裡出什麼事了嗎？”小林美子的媽媽緊張地問。
“不，不是的，阿姨你別緊張。美子在學校裡突然死了，我是想來了解一下情況，看看能不能找出什麼線索。”柯南說。
“什麼？美子死了？怎麼會呢？她昨天晚上還好好的呀！”小林美子的媽媽聽了柯南的話後，一下子癱坐在地上，痛哭起來。
柯南看著小林美子的媽媽，心裡也很難過。他默默地走出小林美子的家，心裡想著下一步該怎麼辦。
走在回家的路上，柯南一直在思考著這個案子。小林美子昨天晚上還好好的，怎麼今天就突然死了呢？而且死亡時間還是昨天夜裡。柯南覺得這件事情非常奇怪，他決定晚上再去一趟學校，看看能不能找出什麼線索。
晚上，柯南悄悄地來到了學校。他來到小林美子昨天坐的那個位置，仔細地觀察著周圍的一切。他發現這個位置的窗戶是開著的，而且窗臺上還有一些奇怪的痕跡。柯南仔細地觀察著這些痕跡，突然他發現了一些白色的粉末。他用手沾了一些放在鼻子下聞了聞，頓時覺得一陣頭暈目眩。
柯南意識到這些粉末可能是有毒的，他趕緊離開了教室。他來到學校的實驗室，想請老師幫忙化驗一下這些粉末。老師聽了柯南的描述後，非常重視，立刻進行了化驗。化驗結果顯示，這些粉末是一種名叫“毒鼠強”的劇毒藥品。
柯南拿到化驗結果後，心裡更加疑惑了。小林美子怎麼會接觸到這種劇毒藥品呢？而且她為什麼要自殺呢？柯南決定再次去小林美子的家，向她的家人瞭解一下情況。
柯南來到小林美子的家，把化驗結果告訴了她的家人。他們聽了後都非常震驚，表示根本不知道美子是怎麼接觸到這種劇毒藥品的。柯南告訴他們，他需要再次調查一下學校和小林美子的家，希望能找出更多的線索。
柯南再次來到學校，他開始仔細地調查每一個角落。他發現學校的倉庫裡竟然存放著一些劇毒藥品，其中包括“毒鼠強”。柯南意識到，這可能是案件的關鍵所在。他開始調查倉庫的管理情況，發現倉庫的鑰匙只有校長和幾個老師有。
柯南決定去找校長談談。他來到校長的辦公室，把自已的發現告訴了校長。校長聽了後非常震驚，他表示自已並不知道倉庫裡存放著劇毒藥品。他答應柯南會立刻調查這件事情，並找出是誰把劇毒藥品放在倉庫裡的。
就在柯南準備離開的時候，他突然聽到校長辦公室裡傳來了一個奇怪的聲音。他悄悄地走過去一看，發現校長竟然在和一個黑衣人交談。柯南聽到了他們的對話內容，原來黑衣人正是把劇毒藥品放在倉庫裡的兇手。柯南悄悄地離開了校長辦公室，決定找機會抓住這個兇手。
經過一番周折，柯南終於找到了兇手的藏身之處。他悄悄地潛入進去，發現了兇手正在製造另一種劇毒藥品。柯南立刻報警，警察趕到後抓住了兇手。經過審訊，兇手交代了自已的罪行。原來他是為了報復學校，才把劇毒藥品放在倉庫裡的。而小林美子因為無意中發現了他的罪行，被他用劇毒藥品毒死了。
案件終於真相大白，柯南也為小林美子找到了真兇。他站在小林美子的墓前，默默地為她祈禱。希望她在另一個世界能夠安息。
從此以後，柯南更加堅定了自已成為優秀偵探的決心。