在一個寧靜的日本小鎮上，圍棋一直是一種受人尊敬的智力遊戲。鎮上的圍棋大師，渡邊先生，更是被譽為“圍棋之神”，他的棋藝無人能敵，深受人們敬仰。然而，在一個月黑風高的夜晚，渡邊先生突然在家中離奇死亡，手中還緊緊抓著一枚圍棋。
警方接到報案後迅速趕到現場，但現場並沒有任何破壞的痕跡，也沒有找到任何可疑的線索。警方開始懷疑這是一起自殺案件，但渡邊先生的家人堅稱他不可能自殺，因為他熱愛圍棋，熱愛生活，而且正在準備一場重要的圍棋比賽，不可能在這個時候選擇結束自已的生命。
就在警方一籌莫展之際，一個名叫柯南的小男孩出現了。柯南是一個聰明絕頂的少年偵探，他因為一次意外而獲得了超能力，能夠看穿事物的真相。他聽說了渡邊先生的死因後，決定親自調查這個案件。
柯南來到了渡邊先生的家中，開始仔細勘察現場。他發現了一些奇怪的線索，比如渡邊先生手中的圍棋似乎並不是他平時常用的棋子，而且棋盤上還殘留著一些不明物質。柯南開始懷疑這是一起謀殺案件，而兇手正是利用圍棋作為殺人工具。
柯南開始深入調查，他走訪了渡邊先生的家人和朋友，瞭解他的生活習慣和圍棋比賽的情況。他發現渡邊先生的對手中有一個名叫鈴木的人，對圍棋比賽的結果非常執著，甚至不惜一切代價要贏得比賽。柯南開始懷疑鈴木就是兇手，但他並沒有找到確鑿的證據。
隨著時間的推移，柯南逐漸發現了更多的線索。他發現鈴木在比賽前曾經向渡邊先生提出了一個奇怪的挑戰，要求在比賽中使用一種特殊的圍棋。柯南還發現，鈴木在比賽後曾經悄悄潛入渡邊先生的家中，而且他的手上還沾有與棋盤上相同的不明物質。
柯南決定與鈴木正面交鋒，他設計了一個巧妙的計劃，讓鈴木在不知情的情況下露出了馬腳。最終，柯南成功捉住了鈴木，並找到了他謀殺渡邊先生的證據。鈴木被迫承認了自已的罪行，他因為過於執著於贏得圍棋比賽，不惜使用毒藥塗在圍棋上，企圖在比賽中讓渡邊先生中毒身亡。
案件真相大白後，柯南感到一陣深深的恐懼。他意識到，圍棋這種看似無害的智力遊戲，竟然也能成為殺人的工具。他開始思考，人類的慾望和執著究竟能帶來多大的破壞力，又該如何去控制和約束自已的慾望。
在故事的結尾，柯南站在渡邊先生的墓前，手中拿著一枚圍棋。他深深地鞠了一躬，然後輕輕地將圍棋放在了墓前。他默默地發誓，要用自已的智慧和勇氣，去揭示更多的真相，保護那些無辜的生命不再受到傷害。
小鎮上的居民們也紛紛前來悼念渡邊先生，他們為失去這樣一位偉大的圍棋大師而感到悲痛。但同時，他們也感到慶幸，因為有柯南這樣的少年偵探在，他們相信正義和真相終將大白於天下。
隨著夜幕的降臨，小鎮再次恢復了寧靜。但柯南的冒險卻還在繼續，他知道自已的使命遠未完成，他將繼續用自已的智慧和勇氣去揭示更多的真相，為正義而戰。
而在圍棋的世界裡，每一枚棋子都代表著一種智慧和策略，但更重要的是，它們代表著人類的慾望和執著。只有當我們學會控制和約束自已的慾望時，才能真正地享受圍棋帶來的樂趣和挑戰。