最終的結果果然不出楊奇所料，派去勸降的人員回報，紅毛番不僅拒絕了大明的好意，甚至依託固城準備頑抗到底。
別看臺灣城的紅毛番現在是硬氣十足，但是赤嵌城被明軍佔領之後，臺灣城已是一座孤城，城內缺糧、缺水，紅毛番的處境十分困難；加之南信風季節剛剛開始，要等待數個月進入北信風季節後，才能將臺灣的有關情況告知巴達維亞，然後再等數個月才能利用下一次南信風季節取得巴達維亞的援助，防守會更加困難。
楊奇與諸將分析形勢，認為不給紅毛番以迎頭痛擊，敵人是不肯投降的，於是命令軍隊從鯤南端登陸，“移扎鯤山，候令進攻臺灣城”。
四月二十八日，明軍前往七鯤，剛剛抵達即發現一隊數百人的紅毛番列隊行進，如此好的戰機，明軍怎麼可能會輕易丟棄？當即命令迎頭痛擊這股敵軍，紅毛番還沒來得及列陣對壘，就被明軍密集的火力擊潰，死傷過半，其餘數十士卒狼狽的退回臺灣城。
自開戰以來，雙方一直進行著零星戰鬥。楊奇一方面積極準備攻城，一方面於盡力爭取和平奪城的機會，兩次寫信給紅毛番，令其投降；一方面又調集所有能調動的大炮，於二十九日凌晨，摧毀了臺灣城大部分城牆，紅毛番於城上集中槍炮還擊，並企圖出城搶奪明軍大炮，被明軍重機槍給擊退。
紅毛番火器比之明軍，雖是有極大的代差，然總歸還是有些殺傷力的。
鑑於臺灣城城池堅固，強攻一時難以得手，為了減少傷亡，進一步做好準備，楊奇決定仍是採取“圍困俟其自降”的方針。
他一方面派遣提張通率兵紮營臺灣街圍困紅毛番，一方面把各第四和第五軍兵力分駐各地屯墾。同時，楊奇還到高山族人民聚居的四大社進行巡視，受到當地百姓的熱烈歡迎。
與此同時，和蘭當局在得到赤嵌城戰敗和臺灣城被圍的訊息後，豈會甘心將臺灣拱手讓出？他們匆忙從巴達維亞調集戰船一百零三艘、士兵兩萬人，緊急馳援。
......
在南方打的如火如荼之際，京城裡的朱由檢也沒有閒著。
大明目前各行各業發展迅速，所需要的資源能源大大增加，就比如說煤礦，由於蒸汽機的普及，所需要的煤炭比之前擴充了數倍不止。
大明目前的產能已經遠遠跟不上發展速度，倒不是說大明境內沒有，只不過大多數還沒有開發罷了，朱由檢就知道有幾處沒有開發的地方。
不過，相比於自己開發獲取資源，朱由檢反而對在他國獲取，更感興趣，畢竟開發所需要的時間比較長，暫時還不能夠解燃眉之急啊。
“陛下，大明目前蓬勃發展，各方面所需資源呈幾何的增長，特別是能源方面，如果不及時解決的話，恐怕會阻礙大明的發展勢頭啊。”
西暖閣內，內閣四位閣臣、六部尚書齊聚一堂，就近期所遇到的問題向朱由檢進行稟報。
諸朝臣對目前所遇到的問題，皆沒有一個好的解決辦法，而且一致認為是急待解決。
朱由檢聞言，不急不躁，胸有成竹的問道：＂諸卿以為朝廷應該如何？＂
諸人你看看我，我看看你，面露尷尬：＂臣等思來想去，除了趕緊提高產能，開發新的礦產，似乎別無他法。＂
朱由檢微微一笑，心中暗道：果然思路不夠開闊啊。
＂哦？諸卿都是這個意思？＂
＂是的，臣等皆贊同蔣閣老所說。＂諸人拱手道。
＂哈哈，好，可爾等想過沒有，此法要耗費多少時間，多少金銀？能不能立刻解決大明所處的困境？＂朱由檢反問道。
諸人被這一反問，弄的當場愣神了片刻。