臺灣城上的紅毛番原以為明朝船隊必從南航道駛入，忙於用大炮攔截，未料到楊奇卻躲開了火力，船隊從鹿耳門駛入臺江，在大炮射程之外。
面對浩浩蕩蕩的明軍船隊，紅毛番“駭為兵自天降”，頓時束手無策。明軍船隊沿著預先測度好的港路魚貫而入，切斷了臺灣城與赤嵌城荷軍的聯絡，迅速於禾寮港登陸，並立即在臺江沿岸建立起灘頭陣地，準備從側背進攻赤嵌城。在北線尾登陸的一支明軍外加兩艘鐵甲艦，駐紮於鹿耳門，以牽制可能的紅毛番兵船，兼防北線尾。
而臺灣的漢族和高山族人民見大明的大軍到達，爭先恐後地出來迎接他們，用板車和其他工具幫助他們登陸，總人數竟然達到兩萬人。
正是由於當地百姓的大力支援，明軍不但順利登陸，而且為分割包圍盤踞臺灣的紅毛番創造了條件。
明軍從禾寮港登陸紮營後，即遭到赤嵌城紅毛番的炮擊。同時，他們又放火焚燒馬廄、粟倉。
楊奇雖是不懼，但“恐被焚燒糧粟”，遂派張通等率所部前往看守堵御。接著，楊奇調整了部署：命令第一軍及張透率領一艘鐵甲艦控制鹿耳門海口，以便接應第二梯隊登陸；令第二軍防守北線尾一帶，以保障主力側後安全，並置臺灣城紅毛番於腹背受敵的境地，另派兵一部監視臺江江面，切斷赤嵌城與臺灣城的聯絡，為從海、陸兩面打敗紅毛番的反撲作好了準備。
四月十七，在北路發生了北線尾陸戰。北線尾是一個不到一平方公里的沙洲，南端與臺灣城相對，北端臨鹿耳門航道。
紅毛番德爾上校趁明軍剛剛登陸，率領兩千名士兵，乘船沿臺江岸邊急駛北線尾，上岸後即分兩路嚮明軍反撲。
德爾指揮的紅毛番以12人為一排，疏開戰鬥隊形放排槍，逼近明軍。
殊不知此舉正中明軍下懷，明軍大部兵力從正面迎擊，另派一部分兵力迂迴到敵軍側後，夾擊紅毛番。
明軍火器在效能上，可以說碾壓紅毛番，在射程和射速上皆是完勝，往往紅毛番打出一發子彈，明軍已經發射了數發甚至上十發，再加上重機槍的加持，明軍的火力“彈如驟雨，連天空似乎都被遮蔽”。
貝德爾發現自己不是對手，且腹背受敵，頓時手足無措，他所指揮的紅毛番士兵的勇氣，這時則完全為恐懼所代替，許多人甚至還沒有開火便把槍丟掉了。他們抱頭鼠竄，落荒而逃。明軍乘勝猛攻，將這兩千紅毛番“一鼓而殲”，可謂是“夷將拔鬼子戰死陣中，餘夷被殺殆盡”。
南路增援的紅毛番，也被明軍戰敗。這支三千人組成的援軍由阿爾多普上校率領，乘船沿臺江南岸駛往赤嵌城，企圖為描難實叮解圍。楊奇發現後，立即出動第三軍還擊。他們架好重機槍，全力向紅毛番軍開火，最終3000名紅毛番士兵只有數百人倖存，其餘皆被第三軍消滅，阿爾多普率殘部逃回臺灣城。
阿爾多普出援失敗，赤嵌城守敵越發著急，派人前往臺灣城，要求葛羅再派大軍救援赤嵌城。
後經評議會研究，臺灣城的處境危險，兵力不足，如果再派出一支援軍，則用以保衛熱蘭遮城堡及其周圍地區的全部後備軍將不足萬名，而這支隊伍又是戰鬥力最弱、最缺乏作戰經驗計程車兵所組成的，所以拒絕了求援的請求。
在戰事如此不利的情況下，紅毛番殘餘艦隊仍然是龜縮不出，拒絕與明軍交戰。最終，失去艦隊幫助，陸戰又戰敗後，赤嵌城和臺灣城成為了兩座孤立的城堡，相互間的聯絡完全割斷。
“轟...轟...轟...”
赤嵌城周圍45丈，高3丈6尺，城牆上有4座炮樓，明軍將其包圍之後，從早到晚，晝夜不停的大炮轟擊。
紅毛番比之建奴確實要強大的多，楊奇為減少傷亡，捨棄了步軍攻城的戰術，只用大炮轟城，同時派遣抓到的俘虜返回對守軍講明利害，勸說守軍投降並保證其生命安全。
剛開始，據守赤嵌的紅毛番企圖負隅頑抗，對明軍的勸降是嗤之以鼻，甚至是利用大炮還擊。然一日不到，在明軍的加強的重炮打擊下，再加上援兵無望，孤城難守，最後不得不掛白旗投降
明軍在登陸後數日，就收復了赤嵌城，戰事之順利，就連楊奇本人都沒有想到。
四月十九日，明軍已然進駐赤嵌城，楊奇站在城樓之上，這是他第一次踏上臺灣的領土，亦是第一次站在臺灣的城樓之上。
“大人，這赤嵌城已拿下，下一步咱們該怎麼辦？”身旁一將問道。
楊奇立於城樓，任由海風吹過：“簡單，派人前往臺灣城勸其無條件投降。”
“如果紅毛番拒絕投降，咱們......？？？”
楊奇聞言，似乎是看傻子一樣看了這人一眼，無語道：“那更簡單，打的他們主動投降，這一次陛下是下了決心的，這臺灣必須要收復，你用心戰事，其他的不用管。”
說罷，楊奇不再理會此人。
“是，大人。”
其實楊奇對於臺灣城的紅毛番是否會投降，是持否定態度的。紅毛番在臺灣經營了數十年，投入了大量心血，如果換成大明，也不會如此輕易的就捨棄，況且大明雖然是大勝，但也有了一些損失。
紅毛番畢竟不是建奴，對明軍也造成了一些損失，而且臺灣城是紅毛番在臺灣的統治中心，城堡堅固，防禦設施完整。城周長200多丈，高3丈多，分3層，下層深入地下1丈多，“城垣用糖水調灰壘磚，堅於石”，城四隅向外突出，置炮數十尊。
可以說臺灣城炮火密集，射程遠，封鎖了周圍每條通道，城內守軍也尚有萬餘人，憑藉城堡繼續頑抗也不是不可能，要想攻下臺灣城，難度也不小。