大昭寺西北有座赭紅色的巖峰，稱瑪布日，意即紅山，相傳這裡是觀音菩薩誦唸六字真言，救度眾生的道場。當年，松贊干布為了迎娶大唐文成公主和尼泊爾赤尊公主，特在山上修建了宏大的宮堡，成為全藏的中心。那個時期，是西藏曆史上一個高峰，也是佛教傳入並發展的黃金時代，松贊干布由此被譽為一代明君，被視為觀音菩薩化身。可是歷經千載，當年的宮堡早已不存，山上僅有一座不知修於何時的觀音堂。
五世達賴非常崇敬這位藏王，黃教掌權後，他決心效法松贊干布，在紅山重建宮堡，作為全藏中心，再現雪域輝煌。
五世達賴自繪圖紙，命索南第巴籌劃督工，於順治二年（1645年），西藏局勢平穩後開始興建，前後用了10年左右時間，修築完現在的白宮部分，仍以當初所取的“布達拉”命名，意為普陀。五世達賴也由此與松贊干布一樣，被認為是雪域總怙主觀音菩薩之化身。白宮落成後，五世達賴由哲蚌寺甘丹頗章移居白宮內，宮內牆上多繪有壁畫，既有佛教內容，也記載了歷史上重大事件、人物。五世達賴感念民工修造時的種種艱辛，特在宮內一面牆壁上描繪了當時的情景，包括死傷的場面。如今的布達拉宮包括白宮、紅宮兩部分，紅宮部分是後來桑結嘉措設計並主持建造的。
五世達賴回到拉薩稍事休息後，在尚未完工的布達拉宮前殿列席了清朝對固始汗的冊封儀式。順治帝委派的兩位欽差面南而站，五世達賴立於一側。欽差宣讀聖旨，大意說固始汗協助五世達賴平定西藏叛亂，安定一隅，功勞深遠云云，特賜“遵行文義敏慧顧實汗”。
固始汗接過順治帝所賜金印金冊，向京城方向叩頭謝恩。印文為“遵行文義敏慧顧實汗之印”，對“固始汗”這一稱號予以認可。金冊中對固始汗“歸誠向化”予以褒獎，稱賞其“尊德樂善，秉義行仁，惠澤克敷，被於一境”。
送走二位欽使後，他動身去日喀則看望師父。這一年，四世班禪已是84歲高齡，師徒相見互贈哈達、禮物，五世達賴在扎什倫布住了5天，詳細講述了此行進京的情況，並向寺僧放佈施、熬茶。回憶起往事，五世達賴感慨地說：“這些年每遇法障，多虧師父護持，得以安然度過，望師父早日調理康復 。”
“我自幼身體孱弱，現在已是高壽，格魯能有今天實屬不易，老僧願來世與佛爺再續今世之緣。”
五世達賴緊緊抓住四世班禪雙手：“師父，弟子何嘗不願生生世世永續師徒之緣，容我與汗王儘快商定此事，一定達成師父願望 。”
一個月後，固始汗在索南第巴的陪同下親赴扎寺，向僧眾熬茶放佈施之後，請四世班禪登上大經堂池巴法座，以藏王名義給他獻上了最崇敬的曼札大禮。
扎什倫布寺以往池巴均有任期年限，外寺高僧活佛任滿後仍須返回原寺，四世班禪即是以安貢寺活佛身份擔任扎寺第十六任池巴的，其地位僅是黃教中一個大寺住持。而透過舉行上述儀式，則表示：得以班禪名義轉世，輩輩成為扎什倫布寺池巴，具有僅次於達賴喇嘛的宗教地位，二者互為師徒。後來，班禪被認為是彌陀佛轉世。
晚年的固始汗因腿腳不便，也移居拉薩。這年一入冬，固始汗明顯覺著身體不適，延醫問藥，略有緩解。五世達賴聞訊後親去探望，一把脈知這病勢沉重，恐金石無力矣。
“多謝佛爺法駕光臨。老夫初時不過偶感風寒，不想一躺半個多月不見起色，看來不服老不行啊。”
“汗王但請安心養病，明日我讓宮中侍醫過來助診。噢，對啦，布達拉工程告竣，待哪一日天暖，有煩汗王大駕親去，主持開光典禮。”
數日後，開光大典舉行，會場周圍聚集了上萬僧民。整座建築全部刷白，莊重、素潔、神聖，太陽一出，金光照射，立體輪廓凸顯，彷彿是冰雕玉砌一般，信眾紛紛虔誠地匍匐下拜。從此，這座有著高大牆基，覆蓋全山的龐大的六層宮堡式建築，成了雪域佛國的象徵，成了藏地眾生靈魂的安棲地。
典禮之後，固始汗在巴雅爾的攙扶下隨五世達賴第一次進入宮內參觀，望著彩柱如林的大經堂、小巧雅緻的房間和琳琅滿目的壁畫，讚歎不已。巴雅爾瞅見前方一面牆用大幅黃緞遮住，悄聲問益西：“總管，想必那是還未畫完吧？”益西答：“一會兒就知道了。”一行人在黃緞前站住，五世達賴擺擺手，幾名侍從小心將黃緞取下，一面大幅人物畫像呈現出來。巴雅爾大吸一口氣的嘴半天未合攏，一旁的丹增瞪大眼道：“這不是父王嗎？”固始汗久久凝視，兩滴清淚順著消瘦的臉龐滾落下來。
畫中的固始汗坐於蓮臺之上，身體略前傾，頭戴翻皮蒙古帽，絡腮長髯，面帶微笑，慈祥和善，背後有日輪，四周是花卉裝飾，下方為一隊侍從。
一陣靜默之後，五世達賴開口打破靜默：“將汗王尊容畫在這裡，就是要讓以後輩輩達賴和藏土眾生銘記汗王的恩德與功績。”固始汗枯瘦的大手緊緊握著五世達賴的手，久久無語，站在一旁的丹增和巴雅爾早已淚流滿面。
布達拉宮典禮過了沒幾日，一天，巴雅爾慌忙趕到宮裡，報告說汗王病危。五世達賴連衣服也未換，快馬馳向王府。
固始汗臉色臘黃，豆粒大的汗珠佈滿額頭，氣息微弱，只有雙眼拼命睜著，他知道不能不見佛爺一面就走，他還有話要說。五世達賴幾乎是衝到榻前，雙手疊握，四目相視，似互有千言萬語，又覺得其實什麼也不用說。
“佛爺，弟子尚有最後一言。”
五世達賴點點頭，將身體向前靠了靠。
“老夫雖是粗人，但大理還是懂的，順治皇帝的心思我明白，我一死，丹增和老十就返安多……”
“汗王啊——”五世達賴長嚎一聲。
時為順治十二年（1655年），固始汗逝，終年74歲。
固始汗以大智大勇統一全藏，他大權在握，但做事謹慎，從不居功自傲，死後將一個完整的西藏奉還，著實難能可貴。順治帝聞之，送達祭文以示哀悼，內雲：“聞厄魯特固始汗病故，念其歸順我國，克盡忠誠，常來貢獻，深為可嘉，宜予祭典，以酬其忠。”
布達拉宮舉行了隆重的追念超度法會，依照蒙古習俗，三百誦經喇嘛均腰繫白帶，帽綴白球，丹增多吉、多爾濟身披大孝在前牽引靈車，車上載一巨木，中心剖空，將遺體置於其間合上，稱為樹棺。五世達賴合十，誦往生咒，繞棺三週，用孔雀羽蘸銀壺法水點灑其上。宮中卓尼欽宣佈法諭：“固始汗本系金剛手菩薩化身，為雪域佛國三怙主之一。”
法會結束，汗王府的送葬隊伍向一條大山谷行去，達賴特使、班禪特使和索南第巴送至谷口返回。固始汗的樹棺被抬至深山後，擇處深埋，然後驅馬踩踏，消除地表痕跡，待來春野草叢生，人莫知之。
其實，老汗王十年前對十個兒子的安排是用心良苦的 ：大公子丹增多吉與黃教上層的良好關係，固始汗希冀能以此取得達賴、班禪對和碩特的長期支援；七公子扎什巴圖爾勇武善戰、桀驁不馴，將他分封安多西北是為了威懾、抵禦準噶爾；二公子察汗丹津深沉多謀，讓其總領諸弟，挾制七公子，維持內部團結。
然而雖然如此深謀遠慮，在老汗王晚年，幾個兒子之間的明爭暗鬥已經開始了。老將軍巴根出家仰華寺後，七公子以反擊準噶爾入侵為由，將巴根手下5000兵馬的大部分抓到自己手裡，對周邊幾個兄弟居然發號施令起來。俗話說：門神老了不拿鬼，況且固始汗又相距遙遠，只好眼睜睜看著老七坐大。
這樣，老汗王劃分的南北左右翼格局，沒幾年就被打亂。
老二察汗丹津隨五世達賴進京後，深感朝廷為安定蒙藏而尊崇黃教，暗思之，越覺得父王擁黃主張的英明。但他想，只有依託一個大寺，自己作為施主的地位才能穩固。於是，他不動聲色派人四處察看，在當時他治下的今甘南夏河尋到一方風水靈地。又想，將來的主持活佛若在黃教中屬旁宗支系或輩分太低則難以發揮影響，所以一直留意尋找一個合適的活佛來主持新建大寺。可是心願未遂，察汗丹津就去世了。他去世後，這個規劃以及在京時順治帝賞賜的世襲貝勒銜，都留給了兒子羅卜藏丹津 。
一天，羅卜藏在大昭寺禮佛，拜到文殊像前時，只見菩薩啟齒一笑，大覺驚異，醒來方知是一夢，於是決定到拉薩去尋找新寺主持。在大昭寺果然見了菩薩像，與夢中一般，再三祈禱，捐了豐厚禮品作為添油錢，大喇嘛見狀特請到後殿用茶。羅卜藏敘說了夢境，大喇嘛雙手合十連稱施主大吉，並告之：“前些時，阿旺追尊活佛曾來此禮拜，獻哈達時，菩薩笑了，有多人在旁瞧見，傳開都說活佛是文殊化身。”羅卜藏細問日期，竟與自己做夢是同一日，更覺驚異，當從大喇嘛口中得知活佛身世時，大喜。原來阿旺追尊一世與達賴一世根敦朱巴、班禪一世克珠傑，同為宗喀巴大師20餘大弟子之一，現為拉薩郊外一小廟活佛，因身份高貴黃教內無人敢小覷他。
“傳說宗喀巴大師在日，徒眾數千，著名的弟子僅二十多位，凡是有能力尋找、發動施主捐助建寺的弟子，在世時獲崇高地位，圓寂後都形成了自己的轉世系統。但還有數位弟子緣分未到，至今伏藏世間。想必阿旺追尊活佛是其中一位？”自語至此，羅卜藏起身告辭，匆匆趕回住處，命僕人帶上貴重禮物前往小廟。
獻上禮物和哈達說明來意後，交談中得知活佛正是甘南人氏，對結緣故鄉甚表歡喜，於是一行返青海。寺廟開始破土動工，數年後建成，頗具規模，名拉卜楞寺，阿旺追尊易名為嘉木樣一世活佛，嘉木樣即歡喜、高興的意思，一直傳承至今。自此，做為拉卜楞總施主，羅卜藏威望大增，實力雄厚，成為能與七叔分庭抗禮的東部集團首領。但這已是幾十年後的事情了。
一日，索南進宮見五世，說：“佛爺，有一事稟告。”
“說吧。”五世達賴以為是外界對近來施政的反映，他正在蒐集這方面的意見，發現索南吞呑吐吐，有點奇怪，便做了一個讓他快說的手勢。
“佛爺，是這麼個事，也可能小僧看走眼多慮了。”說著將一張未貼出的關於撤走汗王府的佈告呈 上。五世達賴瞅了一眼，一時弄不清怎麼回事。
“小僧想，佛爺的金印和老汗王的金印為大皇帝同時所賜，乃天工精製，可兩個戳記互相比較，卻……”索南繼續說。
五世達賴這才認真觀察，自己的戳記，邊沿齊整，滿漢蒙藏四種文字筆劃規範，字跡優美，總體風格莊重大氣，再看汗王戳記，顯然刻制水準相差太大，四種文字刻工粗糙，尤其那一行漢文字跡歪扭，且邊緣起毛，不像是金屬所制，不由心中驚訝，難道……
“佛爺，您沒有見過汗王的金印嗎？”
五世達賴搖搖頭，略一沉思，對索南道：“一個人做同樣兩件東西也不會完全一樣，咱們不費這個心啦，對別人也不要再提起。”他已經直覺到背後肯定有個秘密，然而，這個謎他到臨終也未解開。
安葬完固始汗，稍事準備後，丹增就帶著汗王府的所有人打算回安多。告辭時，[雨林木風7] 五世達賴親自出宮送行，憶起這些年來的情誼，二人頗為傷感，揮淚告別，命索南第巴率人一直送到唐古拉山口。望著遠去的人馬，那顆印又跳進索南腦中，隨即一想，擺擺手，“就讓這個秘密跟著丹增一起離開吧。”
至此，除圖布率領的騎兵駐在藏北當雄外，區內蒙古軍隊已全部撤出。送丹增時，五世達賴讓索南返回時也請圖布同來。圖布獻哈達行禮後，雙方互相端詳，數載不見，都多了幾許成熟滄桑。
五世達賴詢問了在當雄的放牧、生活等情況後，說：“自從你率隊駐紮，藏北商旅通暢，劫道的蝥賊不見了蹤影兒，都感謝你們啊。圖布啦，我們是老朋友，雖然大公子回安多了，但是隻要你和手下的弟兄們願意，我非常歡迎並誠懇希望你們留下。”
圖布一直在用心觀察著南北的局勢，他心裡明白，北邊安多，兄弟幾個爾虞我詐，老百姓民不聊生。再看南邊藏區，穩定有序，欣欣向榮，況且他的手下均在當地娶妻成家，逐漸融入社會。近個時期，因風聞大公子離藏，大家都擔心下一步會不會……此刻，圖布聽到五世達賴懇切挽留，激動地跪拜感謝：“佛爺，當初老汗王在當雄屯兵是為了防範來自北邊的意外狀況，我代表弟兄們發誓，用生命捍衛藏北大門的安全。”
後來，圖布和他的弟兄們果然實踐了諾言。
“圖布啦，起來說話。我再交給你一個任務，以後如果有藏兵北上侵擾，你們就關上北大門把他阻攔住，總之是友好交往，各安其境。”
這一席話更使圖布感佩不已，望著佛爺推心置腑的目光，他鼓鼓勇氣，說：“佛爺，說一句輪不到在下操心的事，大公子恐在安多難以立足。”
五世達賴心裡一驚。
圖布接著說：“此事現在也難以細講，只是在下的揣測，但願不是這樣。”
分手時，五世達賴委任圖布為當雄民兵隊長，讓他回去後將隊伍編制、訓練、武器、給養等擬定個計劃再細商。
其實，當黃教登上這片高原的政治舞臺後，五世達賴早就發現府庫空空如也，他們馬上面臨財政危機。沒有經濟基礎和軍事實力來支援，統一的政權將難以維持。之前他著重處理經濟這一塊，在軍事方面有固始汗，現在固始汗逝世，是他自己組建基本軍事力量的時候了。這也是他叫圖布回來的原因。
作為一個農牧業社會，土地和牧場的佔有形式決定著利益的流向。以往，藏區的土地佔有形式大致有四種：1、貴族、莊園主、牧場主佔有；2、寺院佔有；3、西藏地方政府佔有；4、農民個體佔有。以前二者為主，其中第二種主要是指掌權教派屬下的大寺院，第一種主要是指掌權教派大寺院的大施主，即依附的大貴族、大莊園主、大牧場主，第三種數量較少，且多為前二者的變相佔有，第四種雖有一定數量，但徭役繁重，總體實力不強。
當初，小藏巴汗被抓，噶舉派倒臺後，其經濟支援也基本喪失。五世達賴和固始汗商議後，決定抓住這個百年不遇的機會，對傳統的土地佔有形式作一番根本性的變動。主要原則是這樣的：1、西藏進入和平時期，寺院沒有必要繼續佔有土地牧場以從事經濟活動；2、為減輕民眾負擔，實行僧人定員制；3、不經批准不得新建寺廟，由第巴府根據寺院名額撥付糧油及僧人培訓、舉辦法事等開銷。主要寺廟僧人定員如下：哲蚌寺7700；色拉寺5500；甘丹寺3300；扎什倫布寺3800；其他教派主寺如薩迦寺、止貢提寺、楚布寺、敏珠林寺等，定額為500。扎寺及其屬寺的供奉由班禪喇嘛轄下幾個縣自行解決。
固始汗則以軍政在握的勝利者身份宣佈，西藏的全部收入奉獻五世達賴以作供養，這為實行上述變革奠定了法理依據。但設想一提出，即遇到來自包括格魯在內各教派的巨大阻力，故該法令一直未正式公佈。五世達賴從京城回來後，二人再次商議此事，決心挾兩顆金印之威公佈推行。
公告明確規定：1、沒收噶舉派的土地牧場一律收歸政府名下；2、原先被佔用的政府土地牧場一律退還；3、藏區各教派所有寺廟的土地牧場上交；4、以上生產資料的使用由五世達賴委託第巴府統一支配；5、凡是租種上述土地的農民繼續租種，地賦上交政府，頭一年數額不變，以後可視情況調整，不再使用“屬民”稱呼，負擔的差役由政府統一下派。牧區情況另作安排。
曾幾何時，面對沒收的大量土地草場，黃教中不乏有人視為可以自由享用的教派鬥爭的勝利成果，為戰勝小藏巴汗出過力的地方勢力也在盤算該從中得到多少賞賜。公告一出，這些人大失所望，牴觸情緒可想而知。佈告猶如一枚深水炸彈，水面浪花不大，水下已經鼎沸。反對的不敢表達，滿意的不敢行動，所有人都在觀望，都好像在等待著什麼。
總結歷史上西藏社會動盪不斷的原因，五世達賴發現，這些問題的背後實際是各地方勢力之間的吞併攘奪，但卻無一不是打出某某教派的旗號，標榜自己，騙取民心。因此，變動土地牧場佔有形式的法令，其中一個目的就是削弱地方勢力，也包括異化為地方勢力代表的寺院。
教派關係是一個重要而敏感的方面，五世達賴提出並長期秉持“教派平等、互相請益”的方針。在政治上，他根據西藏的特點，逐步建立起格魯派佔絕對優勢，以三大寺為權力核心，以達賴喇嘛為最高首腦的政教合一權力體系。在清王朝支援下，在帝國主義侵入之前，這個權力體系穩定運轉了200多年。
丹增多吉返回安多後，正值新年臨近，於是興致沖沖召集眾兄弟聚會敘談。酒過三巡，老七發話了：“大哥，你放著好好的藏王不做，跑回來同兄弟們爭這點兒草場幹什麼？”其他兄弟們都放下酒杯看著丹增。
老七居然說出這樣的話，實在大出丹增多吉的意料，他掃了一眼，那幾個兄弟一張張虛情假意的面孔透著冷淡甚至是厭惡的表情，他似乎聽到每個人都在重複著說：“還回來幹什麼？還回來幹什麼？還回來……”
他顫抖著站起來，說：“弟兄們，父王怎麼說的，難道忘了嗎？今天算你老七喝酒喝多了說出這種糊塗話，我們萬不可壞了父王的一世英名啊。”
眾人告辭後，丹增和察汗丹津又聊了一會兒。
“老二，沒想到眾弟兄會變得如此……唉！”
“漢人有句話：士別三日當怎樣？何況大哥與兄弟們分別了十年。剛才會議上說你和十弟回到自己領地，你沒看見老三和老七那個臉色？”
“我們回來不是理所當然嗎？”
“人心不足呀。按說這些年他二人經營你們的牧場，白得許多利，可吃慣了，不願意再吐出來啦。大哥呀，你得有個精神準備，往後麻煩少不了。”
丹增開始不信，覺得管不了別人，自己和十弟在自家領地上安份過日子還不行嗎？可問題沒那麼簡單，煩惱一個接一個：劃界時領地被縮小、分到的多是貧瘠草場、撥歸的人畜不足數，時常發生牛羊丟失的情況，甚至發生爭鬥……他明白這是有人在擠兌他，就拼死命支撐著，苦撐了三年後，他才意識到這片土地再無他立足之處了。只好帶著三年前從拉薩帶過來的家當，打馬離開。
“大哥，咱們去哪裡？”多爾濟問。這位十弟才十五歲，長方形面孔，雙目機敏有神，濃密的眉毛直插鬢角。三年的磨難使他早熟、沉穩、有膽量，而那個和他同歲的侄子——丹增的兒子，卻顯得頭腦簡單一些。
丹增茫然四顧，仰天長嘯。深秋的寒風，吹著口哨，打著旋兒，無情地掃過這群走投無路的落魄之人。
“大哥，還回西藏吧，求求佛爺收下我們。”
半響，丹增拍了拍小弟仍嫌單薄的肩膀，無奈的點點頭。於是，三年後，丹增多吉帶著家眷、隨從一百多人，停在唐古拉山口，派人帶著親筆信趕往拉薩。
五世達賴看過信後遞給索南：“索南呀，你看該如何？”
索南笑說：“佛爺慈悲，小僧猜定會收留大公子。”
“不是收留，益西呀，你去山口，對大公子要象迎請貴客一樣。索南啊，你派人將原來的汗王府好好整修一下。”
益西退下後，索南低聲說：“大公子此番來藏，不管怎麼說，與過去身份不同了，那方金印已留之無用，可否請他交出？”
“第巴不愧精細之人，按說那方金印已失去效力，大公子主動交出最好，若留著，萬不可向人家索要，況大公子是有難來投。”
“只怕日後會出現今天料不到的麻煩。”
“凡事因因果果，不可強求，隨緣吧。”
丹增到拉薩的那天，老遠望見佛爺出宮迎接，他滾鞍下馬，哭奔前來，正要跪拜，被五世達賴一把扶住：“大公子平安就好，世法無常，人難盡意，什麼也無須再說，就跟過去一樣，只管安心住下便是。”
在洗塵宴上，索南宣佈：“佛爺向大公子贈奉‘達延汗’尊號，重開汗府。”敬酒時，索南又言道：“佛爺講大公子對藏土有恩德，是貴客，既稱汗王，理應佈告周知，文字已擬好，只待金印雙鈐。”
“丹增承蒙佛爺收留，感恩不盡，名號不名號的算了吧，佈告出去怕是會貽笑大方。”
五世達賴在一旁向索南使個眼色，索南趕緊說：“名號還是要的，總要有個堂堂正正的身份吧，這也是給安多那幾個忘恩負義之人看的，佈告之舉嘛，大公子既不情願也就罷了。”
五世達賴不由心想：“這顆印離藏三載又返回，不知是與誰的緣分未盡。”
丹增在汗王府住下後，生活自不用愁，重大活動也常受邀參加，只是心情鬱郁，兀自發悶長嘆，幾年下來，身形消瘦，時感胸部不適。五世達賴得知後，親去汗王府探望，併為其把脈診斷：“汗王身體各部無大礙，只是心區存有積液，醫書上稱為心水病，系憂傷過度導致，只要調整好情緒，積液自會消退。”接著又多方勸慰，丹增只是默默點點頭。
兩年後，丹增患病身亡。五世達賴得知大吃一驚，等趕到王府時，家人因不及趕製樹棺，已將遺體裝殮於一長櫃中。五世達賴誦往生咒繞櫃九周，做了一場法事，因天氣炎熱，匆匆葬了，終年52歲。丹增唯一的兒子繼承了汗位，五世達賴贈他的名號是達萊汗，時年21歲。
此處說四世班禪身體不好，但前面未曾提及，不免突兀。