甘丹頗章政權成立之初，五世達賴作過一個統計，當時藏區共有大小寺廟約1800座，僧人近十萬，格魯派佔三分之一強。經過籌劃，他決定陸續興建13座大廟，就是後人所稱的十三林。此外，他還決定將江東康區原屬噶瑪派的稻城貢嶺寺改屬格魯，增修擴大，佔地500多畝，僧人定額300。稻城貢嶺寺歷史悠久，以壁畫精美著稱，鎮寺之寶——鎏金彌勒佛像系五世達賴所賜。後經清廷批准，五世達賴還在滇北迪慶修建了雲南最大黃廟——噶丹松贊林寺，外觀雄偉，依山而建，號稱小布達拉，四周青山如黛，仙女湖碧波盪漾，現為香格里拉主要景區之一。接下來，該考慮如何擴大、鞏固黃教在蒙古地區的影響，每每憶及那個少年天子的形象，他就感到朝廷的託付之重。
他的思緒不由從黃教初入蒙古開始梳理，這些事情也都曾對桑結說過，所以桑結明白佛爺剛才所說“黃教兩大活佛誕生了”的意思。
明朝中後期嘉靖年間，內蒙古土默特旗王公俺答汗舉兵南下，由古北口入犯，逼近京師，朝野大驚，飽掠8日而返，史稱“庚戌之變”。後西進安多，留駐不返，與當地藏蒙遊牧部落發生利益衝突，局面混亂。朝廷派甘肅巡撫勸返無效，又無力阻止，只好封俺答汗為順義王，以示懷柔。
俺答汗發現與當地人的矛盾還表現在宗教上。那時蒙古人信奉原始的薩滿教，當地人則多信仰佛教。宗教對立導致西藏掌權的噶舉上層對俺答汗冷漠排斥。他為了在宗教上尋求支援，經反覆探訪觀察，把目光投向在群眾中已有相當影響且受噶舉壓制的格魯宗，主持修建了仰華寺，邀請時為哲蚌寺池巴索南嘉措會晤。雙方於土默特部進入青海20年後的1578年（明萬曆六年）在仰華寺舉行了會談。
一天傍晚，索南正靜坐默誦經文，忽聽不遠處傳來淒厲的哭嚎聲，出去一看，哭聲是從一位將軍帳中傳出的。打聽方知，將軍剛剛病故，死前指定兩個妻子中年輕的一個“跟他走”，天亮前須自行了斷，明天一同入樹棺下葬，現在正與兩個年幼兒女抱頭痛哭。索南被深深震驚了，居然還留存如此野蠻殘酷的風俗。
“上師慈悲，求您向汗王說說留下她吧，孩子還小……”年輕妻子的母親跪在地上哀求道。四周是許多沉默的眼睛。
“好，我去向汗王求情。”他扶起老人，向大帳走去。
俺答汗自與索南接觸後，對佛教很感興趣，每日請他講解佛法，眼下正拿著一本經書在讀，看見索南進來趕緊讓座。
“汗王可曾聽見外面的哭聲？”
俺答汗嘆口氣點點頭。
“佛法首重戒律，五戒首戒殺生。汗王放著人命不救，讀再多經書恐也無益。”
“唉，上師有所不知，這是蒙古人祖輩傳下的習俗，不滿足死人的願望活人不得安寧。”
索南微微笑道：“汗王以為人死後有無靈魂？”
“這個、這個，說不好……”
“汗王想學佛法，這正是關鍵，且聽小僧道來。若無靈魂，一死百了，陪葬何益？又怎能攪憂活人不安？若有靈魂則必然進入輪迴，來世境況好壞，端看今世善惡如何。這位將軍不修陰德，臨死又殺一人，且秧及老少，可謂作惡多端，必下鐵圍地獄，來世轉為畜牲。”
看到俺答汗滿臉驚疑，索南又補充道：“汗王能有今日，安享錦衣玉食，貴為人上之人，可知為何？”不待對方回答又道，“汗王尊位，人皆思之，然最終由閣下榮登，乃是……”說到此停頓一下，俺答汗情不自禁伸長脖子側過耳朵，索南意味深長地繼續道，“汗王的洪福乃是前世敬佛行善的果報，還望今生禮敬三寶，來世會更加圓滿。”
俺答汗似有所悟，但又為難地說：“這習俗源自薩滿教，族人皆信之，怕是一時難改。”
索南嘉措看到機會來了，果斷地說……話還未出口，只聽帳外如雷一般喊道：“我們願追隨上師皈依佛法。”二人嚇一跳，出帳一看，黑壓壓不知跪著多少人，此刻天已大黑，遠遠近近點著不少火把。
這場面顯然感染了俺答汗，他大手一揮：“好，我和大家想的一樣，從現在起，我們土默特蒙古人就不再信薩滿而皈依佛教了。”
下面的人一聽，都興奮地跳起來歡呼，火把也來回舞動著。
索南揪了一下汗王，向那個帳篷使了個眼色，俺答汗馬上叫衛兵通知死者的妻子不用再自殺隨葬了。
第二天，在仰華寺外山坡下，舉行了盛大的皈依大法會，年輕的妻子和老母及兩個孩子，久久跪伏在地，感謝上師救命之恩。索南嘉措站在高臺之上，雙手合十，表情莊嚴，在他勸說下，宰殺牛馬殉葬的陋習也同時被廢止。從此，黃教迅速傳遍內蒙古，索南也得到草原人民的尊敬。
為了表示互相尊重、友好、支援，俺答汗贈予索南嘉措“達賴喇嘛”尊號，從此有了這一稱謂，索南嘉措為三世，一世、二世為後來追封。索南也回贈俺答汗“梵天法王”尊號。索南嘉措富有眼光，痛感噶舉派動不動就拿出明王朝封的頭銜打壓黃教，於是經由俺答汗嚮明王朝進獻禮品，建立了與明王朝的聯絡。後來，宰相張居正命甘肅巡撫透過索南嘉措勸說俺答汗離開安多，返回蒙古。索南到蘭州後，受到當年元朝對八思巴一般的隆重接待，當即給張居正覆信，答應勸說。
俺答汗聽從了索南嘉措的建議，於次年率人馬返土默特。史書稱“邊境休息……數千裡軍民樂業，不用兵革”。俺答汗返回後，按照沿途所見漢地城廓的格局，在土默川上興建起大漠草原有史以來第一座城市，取名“歸化”（即今呼和浩特）。城北是綿綿大青山，南臨滾滾黑河水，別名青城，至今仍為塞北重鎮。俺答汗築城時建造了蒙古民族首座黃廟——大召寺，現儲存完好，同時在其居住城堡內也建一寺，當地人稱為美岱召。
1583年，索南應邀折回青海，到塔爾寺講經。塔爾寺一帶本是宗喀巴誕生地，極為殊勝，經索南四處募化，得到大大擴建，成為黃教八大寺之一。
同年，俺答汗病逝，臨終囑咐請上師親為其靈魂往投三善道誦經祈禱。索南從塔爾寺動身北上，一路上講經說法，調停部落之間紛爭，兩年後到達歸化城，為俺答汗舉辦了隆重的超度往生祈禱大法會。索南在歸化城期間，主持修建了席力圖召以增老汗王福田。後來受察哈爾首領圖門汗之邀前去傳法，還接待了喀爾喀阿巴代頭人的拜見，贈其諾門汗稱號，自此，黃教開始傳入外蒙古。
1587年，在蒙古王公的請求下，明王朝賜索南嘉措“朵兒只唱”封號，意為“金剛修持者”，並以皇帝名義發出邀請。索南非常珍惜這次機會，儘管連年奔波體質很差，仍堅持前往，可惜次年即1588年（明萬曆十六年）圓寂於途中，俗壽46歲。
追昔撫今，五世達賴看到，一個時期來，不斷有內外蒙古王公遣人邀請高僧活佛前去傳法，雖是好事，終非長策，要有一個久遠佈局。後來，經過慎重思考，他向朝廷報請，在喀爾喀蒙古建庫倫大寺，由哲布尊丹巴為該地區最高活佛，其一世由五世達賴考察確認，上報清廷批准冊封。又立章嘉為內蒙古最高活佛，認證批准程式與上同，其二世、三世為康雍乾帝師，在民族宗教事務上發揮了重要作用。這哲布尊丹巴正是曾經與五世達賴辯經的覺囊僧人，而章嘉正是那場法會上跑上臺“攪局”的那個小孩。
康熙十三年（1674年），吳三桂起兵反清。大約皇帝也知道吳三桂多年來交往五世達賴，於是特派欽使送去一道敕書，內雲：“大兵分路進討，若吳三桂勢蹙投降，喇嘛其即執送。”五世達賴向欽使表示“當誦經祝佑聖躬康豫，鹹靈遠播，國祚綿長”，並在奏章中說：“吳三桂背主負國，人皆惡之，不來則已，來即縛之以獻。”康熙覽奏後說：“喇嘛崇尚信義，必如所奏而行。”
在整個戰爭期間，五世達賴從側面配合、支援了朝廷，除了封鎖金沙，嚴防吳軍竄犯外，還在西北孤立削弱了王輔臣勢力。王輔臣原系吳三桂舊將，官拜陝西提督，南北對峙之時，三桂唆使其叛清，另派大將王屏藩率勁旅由川入陝，兵指漢中，企圖會合，側擊清軍。此招若實現，最後勝負恐難預料。
時王輔臣進兵平涼，欲南下漢中接應吳軍，唯擔心甘肅提督張勇懾其後，於是煽動安多和碩特各部入邊侵掠，奪佔河西走廊，牽制張勇，更與蒙古兵“交相連結，欲圖入掠”。朝廷接張勇奏報後，一方面表示若吳三桂“悔罪來歸，亦當貸以不死”，一方面緊急下詔，要求五世達賴速止安多蒙古，勿為邊患。聖旨一下，五世達賴立派數十名使者手持達賴喇嘛法諭快馬北上，使者均黃緞纏頭，沿途車馬行人皆避讓之，於是甘青局勢很快得到穩定。王輔臣勢單力孤，只好投降，王屏藩困守漢中，兵敗自殺。若不是多處宏法、廣建寺廟擴大黃教影響，恐怕根本無法靠快馬法諭很快安定一方局勢。
此前，清廷曾想徵調和碩特各部經由西藏攻擊滇北，五世達賴懇切上奏：“蒙古兵力雖強，難以進邊，縱得城池，恐其貪據，且西南地熱，風土不宜。”這一建議著眼於西藏乃至西南地區的長遠穩定，可謂慮事深遠，得到皇帝贊同。
16世紀，莫斯科大公伊凡四世積極東擴，先後征服了蒙古人統治的喀山汗國、阿斯特拉罕汗國和西伯利亞汗國，貪婪的目光投向貝加爾以東至黑龍江流域大片土地。趁明清交替之際，沙皇先後派出以波雅科夫、哈巴羅夫為首的殖民軍，侵入我國東北地區，並構建雅克薩和尼布楚要塞，作為爾後東進海岸南達長城的軍事基地。順治年間，清廷就曾發動數次討伐，在今俄羅斯遠東城市哈巴羅夫斯克附近，殲滅哈巴羅夫副手斯捷潘諾夫全軍。康熙在平定三藩、收復臺灣後，於1684至1686年，派寧古塔將軍巴海、副都統薩布素統兵圍剿雅克薩，先是擊敗俄援軍，俘獲頭目額裡克什，再逐次圍困，激戰三個月，斃其首領圖爾布青，力拔要塞。1689年，簽訂《尼布楚條約》後，沙俄才退出了侵佔的中國領土。
戰前，康熙曾派人蒐集相關情報，發現俄軍才四百人，且多年來，從未派遣過千人以上的軍隊，不禁稱奇：“萬里跋涉，他們靠什麼在當地立足？”原來是靠威脅利誘、收買少數頭人。上次俄軍能在失敗被迫退出城堡後，再次潛入，就是靠頭人根特木爾的幫助。由此，康熙深知，這一仗能否取勝以及能否鞏固戰果，關鍵在喀爾喀蒙古人的向背。在這條看不見的爭奪人心戰線上，清廷藉助達賴喇嘛的宗教影響，獲得了優勝。條約簽訂次年，外蒙古三汗王都輸誠歸附。
至此，康熙皇帝更深刻的理解了“一座喇嘛廟，勝抵十萬兵”這個諺語，也更加重視與達賴喇嘛的關係。
後來，康熙在承德修造避暑山莊時，周圍多建寺廟，為迎接達賴、班禪還專門修建了“普陀宗乘之廟”和“須彌福壽之廟”，其建築之宏偉壯麗，令人歎為觀止。因夏天內地炎熱，康熙還多次在避暑山莊內接見蒙藏維等少數民族代表，並在山莊內“萬樹園”景區，架設蒙古包，刻意營造草原風光。考慮到五臺山歷來為各族佛徒心目中的聖地，為方便蒙古人朝拜，康熙還特在臺內增修擴充黃廟二十餘座，統管全山黃教的菩薩頂扎薩克大喇嘛，也須由達賴喇嘛親自委任，報清廷批准、賞穿黃袍後方才生效。正是由於這樣的策略以及一系列的措施，才出現了“內外蒙古王公臺吉，驅駝馬牛羊數千裡，傾城貢獻者，不絕於道”的昌盛景象。